Acho que, como séries/gêneros de filmes, não podem ser comparados. Star Wars é um filme de fantasia que é ambientado no espaço, Star Trek é ficção científica. É como comparar Senhor dos Anéis com 2001.
Dito isso, vamos aos universos:
Star Trek se originou como uma série de ficção científica nos anos 60 na TV, o que significa lidar com limitações do meio (TV) e época (anos 60). Por isso se adotou soluções que fossem baratas e criativas. Assim, os alienígenas eram humanóides porque era mais fácil fazer a fantasia, o que não impediu que houvesse alienígenas como tribbles, hortas e Q. Outra solução criativa foi o teletransporte, isso evitava o uso de naves de transporte (pods), construção de cenários, maquetes. Simplesmente podiam mudar de um cenário para outro sem muito custo. Star Trek também é, basicamente, uma história naval com batalhas navais, ou melhor, de submarinos. Daí que vemos os postos de comando, os termos utilizados, o almirantado e controle de danos das naves. Por fim, Star Trek estreou em 1964, antes do homem ter pisado na lua.
Por outro lado, Star Wars é um filme de fantasia, onde George Lucas utilizou vários elementos de diversos gêneros ligando tudo em uma história arquétipa da jornada do herói, em um elemento espacial. Na história você vê samurais (e obras do cinema japonês sobre o tema, como os sete samurais), cavalaria, feudalismo, nazismo, western spaghetti, seriados antigos como Flash Gordon e a Batalha da Grã-Bretanha, até mesmo os três mosqueteiros. Em 1977, quando o filme foi lançado, também não havia capacidade técnica em efeitos especiais para se ter raças alienígenas não humanoides (talvez a única exceção seria Jabba), além de não fazer muita diferença isso para a história (e se afastaria da proposta criada por George Lucas).
Não se pode dizer que as "leis da física" são diferentes entre esses universos e o nosso, porque são obras de entretenimento, não são documentários e não buscam ser fiéis à realidade, mas contar uma história. Tecnicamente, estão no nosso universo, com a diferença que Star Wars se passa em um passado distante e Star Trek em um futuro próximo.
O que se pode talvez comparar seria o fascínio que as duas séries geram. Nesse quesito, acho que Star Trek possui uma legião mais ardorosa de fãs.
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