O fato de já terem encontrado Tróia não pode ser usado como evidência de que vão encontrar Atlântida. O causo é que só porque não existem evidências a favor ou contra algo você não pode dizer que o algo em questão não exista, e Tróia é só um exemplo de casos em que encontrar as evidências foi questão de tempo. Demócrito previu a existência de átomos na antigüidade, mas o fato de só terem provado sua existência milênios depois nunca consistiria em uma prova de que eles não existem.
Mas, como o Ângelo falou, outra coisa bem diferente é quando você tem evidências em contrário. A tese de que Atlântida era uma ilha que existiu a milhares de anos atrás para ser considerada científica deve ser falseável. Digamos que o sumiço de uma ilha há apenas alguns milhares de anos atrás deixasse marcas identificáveis por geofísicos. Se os geofísicos então esquadrinharem o leito oceano Atlântico inteiro e não encontrarem essas evidências então a tese de que Atlântida existiu terá sido detonada, pois este é um caso de não encontrar algo que deveria estar lá.
Esse último caso é como eu dizer que coloquei dinheiro dentro de um cofre que só eu e você sabemos abrir e então logo depois você vai abrir e vê que não tem nada lá dentro. Então você me acusa de ter mentido porque não encontrou nada no cofre, mas eu te digo "ausência de evidência não é evidência da ausência"

aí sim seria uma falácia...