Os dados preliminares do genoma do neandertal --o estudo completo ficará pronto no ano que vem-- mostram que houve uma divisão evolutiva entre os dois grupos entre 500 mil anos e 370 mil anos atrás. Não há traço de DNA neandertal no genoma humano.
Informaçãozinha de significado mais difícil de ser imaginado...

Bem, compartilhamos mais de 90% do genoma com chimpanzés, dos quais nos separamos há pelo menos 5 milhões de anos, talvez iniciando-se em 8, e talvez se dando apenas há 1 milhão de anos a separação mais definitiva. Os neanderthais se separaram no grosso há apenas 500 mil anos, mais ou menos. Dai simplesmente não tem como não ter traço de neandertal no nosso genoma, a menos que já se tenha o genoma completo dos neandertais (o que eu não sei), e se saiba de genes exclusivos deles, seguramente não compartilhados com qualquer ser humano atual.
Nada impede, de qualquer forma, que qualque gene exclusivo de neanderthais estivesse ausente, mesmo com eventual hibridação... apenas me parece estranho, seria razoavelmente baixo o número de "imigrantes" necessário para manter os genes neandertais em uma população (acho que apenas cerca de 1 sapiens ter um filho com um neandertal (ou "neandertalesa", e vice-versa) por geração).