Fiz um semestre de Antropologia certa vez. A questão de como lidar com comunidades nativas isoladas foi abordada nele.
Não é uma questão simples, como aliás também não é simples para nós "civilizados". Se os índios tem o direito de ter preservado seu modo de vida sem ser obrigados a fazer concessões a uma cultura que não escolheram, por outro lado não acho muito melhor decidir que a escolha não deve ser deles... mesmo que a maioria dos membros da tribo realmente seja mais feliz com a vida que tem hoje e preferiria continuar assim se fosse consultada, cabe perguntar até que ponto isso justificaria negar à (suposta) minoria acesso a alfabetização, medicina moderna e outros benefícios. É uma atitude que me parece inclusive racista, pois implica em decidir que os direitos inatos desses índios não são os mesmos de "gente de verdade"...
Claro, chegar lá e perguntar que tipo de vida eles querem ter já seria um problema considerável, por vários motivos. E não deixaria de ser uma mudança algo invasiva e irreversível. Porém, acontece que é assim que funciona; não existe como realmente manter uma comunidade intocável e isolada, o que aliás nem é desejável.
Pelo que sei, mesmo hoje há tribos indígenas que se procura manter culturalmente preservadas, enquanto que outras podem inclusive precisar de ajuda moderna para sobreviver. Não pensem que toda tribo indígena é auto-suficiente e deseja ser mantida sozinha; _existem_ problemas como fome e doenças (pelo menos ocasionalmente) mesmo quando o "ocidental malvado" não tocou a comunidade. A partir de um certo ponto, interferir é uma questão básica de decência.