Acho bom você estudar um pouco de MQ, usar as ferramentas como caixas-pretas é meio complicado se você quer se tornar um pesquisador.
Acompanhando as listas de usuários de softwares como o GROMACS e o GAMESS, dá pra ver que muita gente (principalmente ex-URSS e indianos, não sei por que) não faz ideia do que o programa faz e sai perguntando pra lista "que botão ele aperta pra conseguir fazer X" sem nem saber o que está fazendo.
Por fazer IC há 3 anos, tenho certeza que você está melhor que isso, mas sugiro prestar atenção aos fundamentos.