Acho que se levar em conta boa parte da ficção científica do cinema nos anos 50 e quadrinhos e pulps dos anos 30/40 a contagem de cientistas malucos dispara absurdamente.
Só de cabeça me vem Lex Luthor (pré-crise), Brainiac (o original, não o esqueleto metálico pós crise. Ele era alienígena mas era cientista), Dr. Silvana, O homem-florônico (Dr. Jason Woodrue), Dr. Frio, Dr. Destino (o vilão do quarteto fantástico) e Dr. Octopus nos quadrinhos.
Rotwang de "Metrópolis", o personagem do Bela Lugosi em "A Noiva do Monstro" (Ed Wood), o Dr. Zaius de "Planeta dos Macacos", Dr. Brown em "De Volta para o Futuro" (ele não é malvado, mas é louco) e Dr. Hellstrom em a Crônica de Hellstrom no cinema.
Dr. Frankestein (que o André T. já citou), Dr. Jekyll (de "O Médico e o Monstro"), Josef Mengele foi personagem em "Os meninos do Brasil" de Ira Levin (mas não vou contar, já que ele é real) na literatura.
Só de cabeça, 14 (sem contar o Mengele e o Doc Brown, que não é vilão).
~3 fanáticos religiosos
13 cientistas malucos