Pelo que sei é proibido no mundo como um todo a retirada da nacionalidade da pessoa, assim, jamais o Brasil poderia retirar a nacionalidade de alguém nascido aqui (no caso do jus solis), como a Alemanha não poderia retirar de um alemão (jus sanguinis).
To falando no sentido de direitos civis e constitucionais. No caso do Zelaya, ele perdeu a cidadania ao tentar ir contra aquela clausula pátrea (assim diz a lei em Honduras), só isso já é suficiente pra tornar legal o que todo mundo acha ilegal (ele ser expulso do país).
Se ele não é mais um cidadão hondurenho, de acordo com a lei de lá, então é legitimo o que o governo interino fez e portanto não configura um golpe.
Pela cronologia dos fatos, o Zelaya perdeu a cidadania antes de ser expulso do país, querendo fazer aquele plebiscito, pela lei de lá, ele também perdeu presidência (não nessa ordem, mas tanto faz), mas mesmo depois disso tudo ele continuou insistindo e até destituiu o General Romeo Vásquez pra forçar aquele plebiscito (mas ele já tava sem cidadania e sem presidencia pela lei de honduras), ou seja, já tava fazendo papel de ridiculo. O Zelaya mesmo se deu um golpe, o exército só tirou ele do país, mas quem tirou a presidência do Zelaya, foi ele mesmo.