Como asism? Você está insinuando que os programas do Linux evoluem porque a comunidade de Hackers fica tentando quebrar o programa? Isso é no Windows No Linux a comunidade envia sugest"oes aos desenvolvedores, até com trechos de código para serem incluídos na versão oficial. Isso costuma funcionar, exceto se o programa for o Pidgin e você estiver tentando melhorar a parte do MSN.
Sem falar que a maior parte das customizações é aberta, meio como mudar cores e temas no windows mesmo, com a diferença de que além disso há mais análogos a "shell replacements" populares, os diferentes DEs, que por sua vez têm diferentes possibilidades de customização por configuração consideravelmente "não-hacker". A coisa mais "hacker" nesse ponto na maior parte do tempo são arquivos de text para configuração, sei lá, acho que isso está em termos de "hacking" só um ou dois degraus acima de simplesmente apertar o botão direito na barra de tarefas do windows e deixá-la mais alta, em outro lugar ou com auto-ocultação.
Eu acho que nunca ouvi falar de um cara que tivesse feito qualquer modificação mais "na marra" em termos de aparência, se bem que não costumo ver muito esses tópicos de "veja meu desktop". Mas nas vezes que vi era só isso mesmo, configuração simples, e ainda geralmente trocavam os arquivos de configuração de coisas como tint e aquele treco famoso que pode exibir informações no desktop, um "OSD" que fica lá o tempo todo mostrando o status de alguma(s) coisa(s).
Mas já vi um caso disso: um "botão iniciar" na barra de tarefas do fluxbox que não existe normalmente, postaram em qualquer lugar uma modificaçãozinha bem simples que você faz no código, e então compila, para ter um. O único caso que me lembro.