Talvez a "filosofia da ciência" como disciplina separada possa ter sido mais tardia, mas a ciência que a antecede não é livre de filosofia.
Dennett tem uma frase que é algo como "não há tal coisa como ciência livre de filosofia, apenas ciência com bagagem filosófica não examinada".
Poderia voltar a perguntar, ocmo alguém "faz ciência"? É "instinto", algo que as pessoas naturalmente sabem como distinguir de algo pseudo ou não científico, que não precisa ser elaborado, estudado? Ou a epistemologia de cada ramo foi sendo desenvolvida aos poucos, junto ao desenvolvimento de tais áreas como ciências propriamente ditas?
Eu acho que é a segunda opção, e nem sendo algo refinado que "acabou", mas é sempre um trabalho em andamento, não só com esses questionamentos meio espantalhóides que você colocou (espalhóide e não espantalho porque bem pode ter quem os faça mesmo), mas o próprio processo de revisão por pares e respostas a artigos em geral não será só apenas em reprodução ou falha em reproduzir os mesmos resultados empíricos, mas também questionamentos metodológicos, "filosóficos".
E essas coisas todas não são verdades auto-evidentes negligenciadas arbitrariamente, mas coisas a que só se chega através de análise, e que precisa ser passada adiante. A filosofia da ciência deve estar de certa forma compilando esses princípios gerais, o que deve ser mais útil para evitar perda de tempo em buscas pseudocientíficas do que em sustentá-las como igualmente válidas.
