As aftas recorrentes ou estomatite aftosa é uma ulceração da mucosa e as causas não são muito claras, mas, aparentemente, é uma doença auto-imune. Alguns fatores podem desencadear o aparecimento como alimentos ácidos, dispepsia, estresse. Podem aparecer também com mais frequência no período menstrual. Alguns consideram fatores traumáticos também, mas aí eu não concordo, considero como úlcera traumática (causada por uma mordida, aparelhos ortodônticos ou próteses mal-adaptadas). Em 7 a 14 dias naturalmente elas regridem, se demorar mais que isso é melhor procurar um dentista ou um médico para fazer um diagnóstico mais preciso (o carcinoma epidermóide pode se apresentar como uma pequena úlcera também). Existia a hipótese de uma relação com o herpes vírus, mas parece que não foi confirmada. Na infecção herpética primária, principalmente em crianças, pode haver a estomatite herpética aguda, daí o pensamento da associação com a estomatite aftosa recorrente (seria como uma outra modalidade do herpes secundário).
Aftas recorrentes:

Estomatite herpética:

O tratamento é mais para controlar os sintomas, já que a lesão regride por si só. Se são poucas lesões eu uso Oncilon-A em Orabase, quatro vezes ao dia, em uma leve camada. Mas ele é um corticóide, por isso, se a lesão for viral ela pode piorar (por isso em herpes nem pensar!). Outra forma é através de uma cauterização química da lesão com alguns tipos de ácidos, o que acaba com a dor, mas aumenta o tempo de cicatrização. Pode-se usar o Peroxyl como solução de bochecho também, ou então o Periogard. Em alguns casos tem que se entrar com antibióticos (nos casos de infecções secundárias). No caso do chimarrão eu acredito que deva ser por causa de uma hiperqueratose da mucosa, o que diminui o aparecimento das lesões aftosas. O bicarbonato deve atuar como um cauterizador químico também, imagino.
Se as aftas forem muito frequentes então deve-se pesquisar as causas, porque podem ser alguns tipos de síndromes.
Para quem quiser saber mais, aqui tem uma revisão da literatura:
http://www.scielo.br/scielo.php?pid=S0034-72992002000400019&script=sci_arttext&tlng=pthttp://www.revistas2.uepg.br//biologica/article/viewFile/419/422