Sendo furar a fila ou não, se eu sou um empresário meu objetivo é obter o máximo lucro, para mim, ou para os meus empregadores, ou para os acionistas. E para tal, sempre se deve contratar o mais competente no trabalho que desempenhará.
Para checar se um candidato é competente ou não, há várias maneiras, dentre as quais uma entrevista, algumas provas, um currículo, dinâmicas de grupo, enfim, milhares de formas. Na minha experiência, desempenho acadêmico é a menos importante. Sinceramente, desconfio de empregadores que exigem muito nesse quesito, sinal que estão mais interessados em ganhos imediatos do que em investir em treinamento e capacitação dos recursos humanos.
Agora, se ambos os candidatos são exatamente iguais, obviamente que contrataria o cotista. Além de ter superado mais dificuldades que o não-cotista, ainda gera espaço para propaganda de ações afirmativas ou responsabilidade social, o que por sua vez pode atrair novos clientes para a empresa.