Obviamente foi prejudicada, pois o transtorno e a exposição já são uma forma de prejuízo. Não acho que caiba medida jurídica, até porque, se não me engano, discriminação por motivos políticos não é tipificada como crime, apenas por raça, cor, etnia, religião ou procedência nacional (Lei 7716/89). Mas é difícil não concordar que seja algo lamentável.
Dentro daquela suposição de um amenizante, que não podemos confirmar, digamos que a mãe da criança fosse simplesmente barraqueira e incomodasse aos outros clientes e ao médico -- mas sem qualquer temática política (ou religiosa). Isso configuraria alguma discriminação? Seria ainda "lamentável" o médico se ver obrigado a despedir o cliente?
Não há qualquer indício de que o caso seja esse, nem mesmo a própria médica alegou isso, e ela provavelmente seria a primeira a dizer se fosse o caso.
Mas embarcando em sua suposição, diria que nesse caso não seria discriminação, pois o que estaria sendo "punido" seria a conduta em si, e não uma característica pessoal que se supõe irrelevante ao exercício do atendimento, como cor da pele, nacionalidade ou filiação política.