Se entendi bem, "matriz" = (ideologia dogmática e que se auto-proclama perfeita).
E também se entendi bem, você, por ter visto que ideologias dogmáticas e que se auto-proclamam perfeitas são ruins, busca saber como que uma posição neutra de negação, no caso o ateísmo pode ser considerado uma "matriz".
Não pode. O ateísmo por si só, não pode ser uma "matriz", porque é algo que não possui ideologia própria. Ateísmo, por si só, é dizer: não acredito porque o que você diz não é lógico, e não é algo que pode ser demonstrado.
O problema é que ninguém se conforma com isso apenas. Ninguém somente apaga a lousa, quer escrever algo nela. Essa questão "de onde vim?" é tão complexa e é tão inerente ao homem se preocupar com ela, que todos, e inclusive o ateu tentam arrumar uma explicação.
O problema é que se você admitir que não sabe de onde veio, se torna agnóstico. E se você considerar que veio do universo, se torna panteísta. E mesmo que você resista ateu a tal situação (e portanto sem "matriz"), você ainda não resolveu o que talvez com mais praticidade lhe importa: "pois então, Deus não existe, e agora, o que faço da minha vida?".
Ou você diz que devemos aprender com os erros do passado, que a melhor forma de compreender o futuro da humanidade é através do passado da humanidade, e, principalmente, tendo tolerância com posições adversas, você chegará ao humanismo secular. Você pode virar budista, como fez o Dantas. Você pode inventar algum sentido em ser ateu por si só e pregar a superioridade atéia, como faz o Lordakner.
Vê, a parte boa de ser ateu é que você sai da "matriz". Mas justamente por isso, você fica numa zona cinzenta, que é impossível de ficar por muito tempo. Todos precisam de uma ideologia para preencher, e quer seja o humanismo secular, quer seja o budismo, quer seja a pregação da superioridade atéia, quer seja qualquer outra coisa, é preciso agregar algo ao ateísmo, justamente porque ele é a negação de tudo.
Eu, apesar de de deísta, sigo o humanismo secular, que prega a tolerância. Se uma religião é prejudicada hoje, o ateísmo pode ser prejudicado amanhã. Há seres humanos de todos os tipos, que seguem "matrizes" das mais variadas, e são bacanas. O que importa não é a "matriz" seguida, mas o que tal cara faz. A "matriz" é só um meio.