Ora, é só usar a principal ferramenta de um cético: a dúvida.

Não é duvidar apenas por duvidar. Isso não é ceticismo. A dúvida deve ser criteriosa, isto é, baseada em perguntas que seguem uma metodologia de investigação. Como disse acima, pode acontecer que nos deparamos com fatos estranhos, sem respostas. Nesse ponto é necessário disciplina para não embarcar em especulações sem fundamentos. Nessa hora devemos estar preparados para dizer NÃO SEI e reiniciar todo o processo com novas perguntas num ciclo que vai se repetir sempre que necessário. Com o crente é diferente. O crente não faz perguntas, é assim por que deus quis, os espíritos disseram, Amon Rá ditou etc e por isso é verdade. Alguns fingem que fazem perguntas que só servem para reforçar verdades dogmáticas.
Quer dizer que o fato de um cientista pesquisar fatos ditos "sobrenaturais" o torna um crente/religioso enrustido ?
Veja este exemplo.
Se vemos uma mesa levitando no espaço por sí mesma estamos diante de um fenômeno que contraria a gravidade (fenômeno natural) e portanto merece ser explicado.
Se vemos uma mesa levitando no espaço e acreditamos que ela é sustentada por espíritos invisíveis estamos diante de um fenômeno sobrenatural para o qual já temos uma explicação.
Cientistas de verdade observam apenas que um objeto levitou (fato) e tentam se cercar de todas as evidências que ele levitou por sí mesmo para descobrir como e por que isso acontece depois de realizar todas análises e experimentos necessários.
Pseudocientistas poderiam partir do princípio que existem espíritos capazes de levitar coisas e tentar descobrir como eles levitam a mesa. Quando querem repetir o experimento, não hesitariam em suplicar aos espíritos que seus pedidos sejam atendidos. (Note que nas "pesquisas" de "transcomunicação instrumental" os experimentos são precedidos de sessões espíritas para chamar os agentes "responsáveis" pelo fenômeno.)
Cientistas de verdade não deixam suas crenças interferirem em suas pesquisas, que devem ser conduzidas sob o rigor da metodologia científica, por outro lado, na pseudociência vale tudo e por isso ela não vale nada.
Ainda utilizando o mesmo exemplo...
Mesas que levitam depois do jantar, diante a vovó, da titia e do cachorrinho são consideradas evidências anedóticas. Não existe lugar para evidências anedóticas na Ciência pois carecem de informações para serem consideradas com seriedade. Por outro lado, mesas não levitam em laboratórios como costumam fazer nas salas de jantar das vovós. Os crentes têm explicação pronta para isso e acusam a ciência de não levar a sério o fenômeno da levitação das mesas. E é para levar a sério?