Independente da meritocracia - que é independente do "publish ou perish", já que gente com poucos artigos, como o Peter Higgs, podem ter muito mérito -, para mim, o problema da ciência no Brasil não é o "publish ou perish". É o estado da educação básica, a falta de incentivo à carreira acadêmica, o pouco investimento, a quantidade de doutores existentes, etc...
O "publish ou perish" é bom para uns, ruim para outros. Há quem prefira estar sempre trabalhando com alguma coisa, mesmo que seja um problema pequeno, pois isso o deixa ativo, pensando em um problema e em uma área, daí surgindo as idéias, ao invés de ficar esperando a "inspiração". Para quem prefere um ritmo mais lento, bem, aí a coisa fica ineficiente, mas é como você disse, é difícil pensar em uma solução para avaliar desempenho acadêmico em provas etc.
E quanto ao "prestígio acadêmico", se você já tem uma posição fixa e não quer fazer parte da máquina, é só dizer foda-se e deixar de ser um moço sensível. Conheço um bocado de gente assim.