"Seus antepassados escravizaram os meus, portanto eu preciso de vantagens como ficar na frente num processo seletivo de uma universidade pública mesmo que eu tenho um resultado pior. O fato de poucos negros e/ou pobres terminarem o ensino médio não importa. Me de cotas!"
Faz sentido pra vocês?
Não. Como disse, aquilo que se tenta fazer para consertar o problema pode ser bem questionável, o que é inquestionável é haver o problema.
Há contudo fatores que acabam amenizando esse problema das cotas -- elas são sociais e raciais (ao mesmo tempo)*, então um desempenho inferior em nota de um cotista pode trazer implicitamente um desempenho superior em determinação, engajamento.
Ao mesmo tempo, a perda da vaga numa faculdade específica (não necessariamente em todas) naquele ano será para o não-cotista (que tem menores chances de ser tão pobre quanto) um prejuízo proporcionalmente menor do que a perda para alguém mais pobre (que no entanto estaria também suficientemente apto a fazer o curso, e possivelmente mais engajado).
Idealmente, ainda havendo cotas, que não são exatamente o ideal, o sistema seria tal que tentaria minimizar essa diferença com cursos "pré-vestibulares" (e parece que já existem isso mesmo, ainda que não seja parte obrigatória do pacote). E também, com mais vagas, minimizar o número de não-cotistas perdendo vagas para cotistas com nota igual ou inferior -- número que tenho curiosidade em saber qual seria na prática.
* o que infelizmente não impede fraudes, tanto de brancos se declarando negros ou indígenas, como possivelmente mesmo de negros em melhores condições financeiras, embora ainda não tenha visto notícia desse segundo caso.