Dodo, o assunto seria muito extenso comparar as razões e as diferenças de várioas sistemas Unix com o Win/DOS. Como você sabe, o Windows tem duas "divisões" de desenvolvimento:
I - Desde os iniciais antes e depois do Windows 3.11 até o Windows ME (usa-se o DOS como sistema base)
II - Entrando aqui o NT, o Windows 2000, 2003 server, XP, e agora o Vista. (independência do DOS, sistemas baseados no NT)
O assunto é muito grande, porém eu gosto muito de conhecer as diferenças de vários sistemas entre si.
Sistemas Unix-like não são muito diferentes entre si, pois seguem o padrão Unix, e o padrão POSIX, e o Linux por ser um clone de Unix também segue estes padrões e os padrões da LSB.
Unix:
http://pt.wikipedia.org/wiki/UNIXPadrão POSIX:
http://pt.wikipedia.org/wiki/POSIXLSB:
http://pt.wikipedia.org/wiki/Linux_Standard_BaseOs pontos que você citou: partições, sistemas de arquivos, arvore de diretórios, programas, instalações, são MUITOS semelhantes de sistema Unix para Unix (na maioria), agora, estas características comparando os sitemas que aderem ao padrão Unix com sistemas Windows está no fato que:
O Unix nasceu do 0 praticamente em 1969, com base nos padrões do Multics, um projeto de sistema operacional criado nos laboratórios Bells. Este Unix tinha características próprias, não vistas até então. Consequência? Seguiu um ritmo diferente, próprio, características próprias.
Já por outro lado, as versões do Windows até o windows ME foram baseadas no DOS, um sistema totalmente independente do Unix, que não tinha nada haver com Unix.
Compreende porque os pontos que você citou entre Unix e Windows são diferentes?
Agora, dos sistemas baseados no Windows NT, existem semelhanças sim com sistemas Unix sim, não queria citar novamente os códigos roubados do FreeBSD, mas concorda se são roubados, o NT possui características Unix? Não somente isto, já li alguns documentos comparando o NT com Unix, e são sistemas um pouco semelhantes sim, talvez porque a m$ poderia ter se baseado em grandes funções e carecterística dos padrões Unix? Pode ser que sim.
Porém os sistemas da m$ baseados no DOS até o ME não tem nada haver com Unix