Olha, certamente você é cético com relação ao criacionismo, com relação a videntes, com relação a astrologia, etc. Acreditar em Deus, que ele guiou a evolução e em vida após a morte, por outro lado, não te descredenciam como cético automaticamente também, um cético não deve ser necessariamente ateu.
O ceticismo científico é uma postura intelectual que privilegia o método científico como meio de se conhecer a verdade. Você é um cético se você é crítico (o que não significa ser radicalmente contrário) quanto a afirmações sem evidências experimentais ou com evidências obtidas de maneira questionável e não reproduzidas por equipes independentes. Em resumo, o cético procura acompanhar o pensamento científico padrão para basear suas crenças.
O caso quanto a Deus é que ele se trata de uma entidade etérea cuja comprovação está além das capacidades de investigação da ciência, por isso dizer se você deve acreditar em Deus ou não está fora do escopo do ceticismo científico, ele só se preocupa com alegações que podem ser falseadas.
Muitos céticos, porém, desprezam as questões que não podem ser falseadas, sendo críticos por default contra qualquer alegação de validade desconhecida, independente de ela ser falseável ou não.