O que entendi da mensagem de fundo dele até hoje, é que ele parte do niilismo e não que o niilismo seja o fim da sua constatação. Ou seja, a partir do momento que encaramos a realidade nua e crua, e percebemos sem rodeios que a vida não faz sentido, que não somos especiais, que as pessoas nascem e morrem sozinhas etc., nos deparamos com o niilismo. O niilismo simplesmente é o fim do nevoeiro que nos impede de entender a vida real, como ela é. Daí sim, a partir do momento que você conhece de fato a realidade, pode então modificá-la ou se adaptar a ela para que seja menos densa, mais aprazível. O niilismo não seria simplesmente não ter motivo pra existir, mas é a constatação de que, como não há sentido, cada um é que deve dar este sentido.
O super homem é o ser humano que entende que a realidade está em constante mudança, portanto não faz sentido se apegar a moralismos dogmáticos, petrificados. Segundo ele, este seria o humano ideal, que se reinventa e reinventa seus valores constantemente conforme a realidade muda, de forma a se adaptar a ela e também modificá-la conforme achar conveniente, assim tornando a existência mais florescente.