Não cara, laicismo é justamente você poder escolher qualquer religião, ou nenhuma, e expor qualquer idéia lícita dentro delas, até mesmo falar que tal religião é a melhor. E a isso some-se que o Vaticano ou qualquer instituição religiosa não precisa dar bênção ao Presidente / Governador / Prefeito / Senador / Deputado / Vereador / Ministro / Desembargador / Juiz antes destes adotarem qualquer atitude.
Quer prova maior de laicismo que o julgamento no STF que autorizou as pesquisas com célula tronco? Além disso, os Deputados / Senadores elaboraram a lei das pesquisas de célula tronco, e o Presidente sancionou, tudo isso, evidentemente que à revelia da Igreja.
Quanto a essa questão da Inquisição, é evidente que já fizeram tudo isso que você disse. Mas é somente porque hoje não cometem mais crimes é que o catolicismo é permitido. Não tem jeito, pessoas querem algo para se apegar, se apegam na religião e se sentem bem com isso, que mal tem? Desde que não cometam crimes a partir disso, tá tudo beleza.
Se os problemas das religiões fossem só esse, uma dizer que é melhor que outra, te digo que estaria tudo muito excelente. Enquanto elas se ocuparem desses "assuntos internos", ótimo, tem que se respeitar a crença dos outros. Há uma diferença muito grande entre expor idéias do tipo "tal religião é a melhor" e "matem os infiéis!". Se você não consegue visualizar isso, sinto muito. É tempestade em copo d'água.