AleYsatis,
Acho que a questão é interessante.
Já ficar debatendo se a ciência é dogmática, não.
Sim, suas bases estão abertas a questionamentos. Por outro lado, qualquer hipótese levantada aqui tentando abalar os fundamentos da física, muito provavelmente, ou já foram levantadas anteriormente (e refutada) ou só passaram por nossa cabeça por falta de conhecimento/entendimento do que já foi publicado.
Como um átomo sabe como se montar para formar estruturas?
Como o fóton "sabe" que deve se propagar a velocidade da luz?
Apesar dessas duas perguntas estarem e "níveis hierárquicos" distintos, acho que elas não se referem às partículas entenderem o que estão fazendo. Você provavelmente se questionou o porque dessas partículas seguirem essas regras.
Quanto mais avançamos, mais descascamos as forças e partículas em pedaços menores.
Antes de entrar mais afundo, queria comentar sobre "Onde está o DNA do Universo?".
O DNA não é um código indexado que vai buscar num banco de dados da quinta essência de como criar um ser vivo. É sistema pronto por si só que trabalha a criação dos seres a base de proteínas. Em outras palavras, não é um "código" e sim o mecanismo em si.
Esse sistema, como já foi dito aqui, se apoia em diversas camadas nos princípios(cada dia mais indivisíveis) da física.
Onde estão armazenadas as leis do Universo?
Você já jogou Mario 64? Existem diversas leis que foram programadas nesse jogo. O programador(faremos de conta que foi um só) escreveu varias linhas e código para criar aqueles castelo do qual o Mario não consegue sair. Não importa o quanto ele ande para frente, ele nunca irá sair dessa esfera e tangenciar o programador. Não só isso, mas,também, ele pode explorar o castelo completamente e nunca irá encontrar o código fonte que gerou essa realidade dele. As leis do universo dele estão delimitadamente armazenadas no hardware, mas o mesmo está no nosso mundo e no final das contas. Mesmo que ele, por alguma super epifania descubra que está num jogo ele ainda teria que responder as mesmas questões que estamos enfrentando aqui.
Ou seja, se as leis do universo estão armazenadas em algum lugar, o fato delas serem capaz de serem armazenadas ou flexibilizadas ou criadas ou ou ou cria a necessidade de explicarmos o funcionamento também desse sistema.
Então, para continuarmos nessa direção de questionamentos, precisamos ser um pouco mais transcendentais.
Por que as leis da física se comportam dessa maneira? A teoria dos multiveros, levanta a hipótese da existência de infinitos universos e que como a matéria necessita dessas condições físicas, em alguns universos, eventualmente, há esse contexto que presenciamos. Por que logo o nosso?

fazendo um paralelo rápido com a vida na Terra, por que na Terra com tantos planetas? Bem, se que tivesse as condições necessárias fosse Marte estaríamos perguntando, por que Marte? Os extra terrestres, se houverem, perguntam o mesmo.
Mas o multiverso é apenas uma hipótese (me corrijam se estiver errado). E mesmo que fosse verdade, o que gera esses diversos universos? Por que não são todos iguais?
Vocês podem ficar se martirizando atras de uma respostas. Mas no fundo vocês sabem que essa angustia e incertezas sobre o universo são decorrente da sua não aceitação de JesusEm resumo: o questionamento é interessante. A ciência não tem uma resposta final. Isso não é culpa de limitações, dogmas e etc, apenas que a ciência vai atras da verdade, e este é, simplesmente, o questionamento máximo da existência.
Durante esse tópico eu vi uma pequena discussão sobre o escopo da ciência. E que ela não poderia questionar nada que não tivesse relação com o método cientifico. Este sentido estrito ainda se aplica? Se for assim, onde está o método cientifico do direito?