Eu consegui fazer para o latino (QWERTY), cirílico (seguindo o padrão de teclado russo, acrescentando também ґ, i e ï que aparecem no ucraniano) e grego (seguindo o padrão de um teclado grego também). Só que ao invés de ter uma tecla que ative cada modo, eu tenho uma tecla só que alterna entre eles. Se tiver mesmo como fazer do jeito que você falou fica melhor.
Edit: Na verdadem está meio funcional. As teclas que precisam do Alt Gr para funcionar não estão mais funcionando. Tenho que resolver isso...
Edit2: Pensei em ao invés de ter um .Xmodmap para todos os alfabetos, ter um para cada. Assim, eu soluciono o problema do Alt Gr, tenho um pouco mais de liberdade de costumização e consigo ter uma tecla isolada para cada.