Do meu ponto de vista o ensino técnico articulado ao ensino médio já me parece uma alternativa um tanto plausível para os alunos que não querem fazer algumas disciplinas. Em contrapartida o choque ocorre realmente na hora do vestibular, onde são cobradas diversas disciplinas muitas vezes não lecionadas.
Então ocorrem dois paralelos. No primeiro o aluno tem uma educação técnica, razoavelmente útil para a sua carreira universitária, no entando, o que embarga a entrada na universidade por muitas vezes será o vestibular, e evidentemente, cursinhos não são essenciais, logo, o aluno terá sim, um déficit em algumas matérias o que ocasionará em um "prejuízo".
No ensino médio regular, o aluno não terá o preview do que poderá ver no verá na universidade, porém, estará tecnicamente, apto a prestar o vestibular em qualquer instituição. A grosso modo é uma vantagem, porém, observando a incapacidade e falta de aptidão que muitos alunos demonstram ter em certas matérias.
O grande impasse no momento na educação nesse caso de ter matérias opcionais, é a transição entre ensino fundamental, médio e universidade. Os padrões de ensino aqui no Brasil ainda não estão aptos a observarem a excelência do aluno em suas escolhas individuais, e eu poderia apostar que modificar todo esse processo secular levaria umas belas décadas pela frente.