Claro, pensamento tem que ser incentivado, não podado.
Mas desde que não se perca o contato com a realidade - o que soi acontecer...- e a consciência de que é só palpite.
O caso-padrão, claro, é a física quântica onde se prevê matematicamente mas ninguém a menos ideia do que "são" os entes objeto do estudo.
Como sabemos, dessa perca de contato com a realidade, da extrapolação dos limites e a falta-de-noção de que esses limites foram extrapolados, se origina todo misticismo "científico" quântico.
A física quântica "de apartamento" (FQM), sem necessidade de matemática.
Bom não esquecer que até o Einstein se deu mal nessa de querer "ontologizar" a força a física.