Não li todas respostas, vou dar a minha aqui:
Somos egoístas por natureza. O seu pensamento de não fazer o mal somente pelo fato de não querer ficar "encrencado com deus" no julgamento final é 100% egoísta. Eu sou ateu, basicamente não faço o mal pro outro pois não quero que façam o mesmo para mim. Se for ver, também é um pensamento egoísta. Mas há mais fatores que fazem com que eu não faça o mal. Uns o Mr Mustard disse acima.
E mesmo eu sabendo que uma pessoa não poderá fazer o mesmo pra mim, nem sempre eu quero fazer o mal pra ela.
Vamos considerar que sou o rei do faroeste, vivo numa terra sem leis e sei que escaparei ileso. Há um cara que realmente quero matar, mas tem filhos. Eu posso levar isso em consideração de não mata-lo. Mesmo eu sabendo que não serei depois prejudicado, não quero prejudicar sua família, seus filhos que não terão mais sustento, sua mulher, não quero deixa-los numa situação péssima. Por que? Não sei lhe responder exatamente o porque. Mas eu não creio que seja pelo medo de ser julgado, vide a situação. Ou talvez seja, mas isso está lá no fundo do meu inconsciente. Superego?
Adicionando mais uma situação: eu sendo político. Sou um bom político, mas apareceu uma situação única para desvio de verba da construção de uma ponte que está sendo construída. Não há riscos de ser pego, a grana é boa. Eu não sei qual seria minha situação na hora. Talvez sim, eu desvie uma parte do dinheiro. Viu? Duas situações distintas sobre moral, duas respostas diferentes, a mesma pessoa. Mesmo não sofrendo consequências, o que regulou a minha má atitude foi pensando o quão eu prejudicaria o próximo. Uns matarão e roubarão, outros só roubarão, outros nem isso. Vai da pessoa e sua moral, não necessitando de uma religião.
O que regula essa moral acho que seria algo bem psicológico, que faz parte da nossa formação. Para desvendar o porque disso teríamos que tentar desvendar a nossa mente a fundo. Acho que é a resposta disso que você quer. Mas por enquanto se contente pelo menos com o "não faça pros outros o que não queira que façam pra ti". Ela também funciona, já que vivemos numa sociedade.
Bom, espero que pelo menos o criador do tópico leia.