O desconforto das mulheres é provavelmente a motivação de existir a separação de banheiros para começar.
O desconforto de compartilhar o banheiro meramente com homens pode ser visto somente como "frescura" e desprezado (se isso não for visto como o desprezo ao bem estar das mulheres, misoginia), o que seria argumento para banheiros mistos, mas no caso de, havendo a separação, é uma outra coisa diferente o desconforto causado por um homem vestido de mulher, que, como já foi dito, pode ser um tarado, quem está lá não tem como saber até que seja tarde demais.
Se vamos tentar ver isso como equivalente ao preconceito a negros, igualmente podemos colocar que é também preconceito a mulher se incomodar com um homem não vestido como mulher no banheiro feminino. Ou com um homem com as calças arriadas no banheiro feminino. Com um homem nu no banheiro feminino. Com um homem se masturbando no banheiro feminino. Ser contra qualquer uma dessas coisas é preconceito contra homens, contra nudistas, ou conservadorismo irracional, contra a sexualidade. Países avançados como a Holanda, permitem sexo em público. E a Suécia permite especificamente a masturbação em público. Países retrógados que tem punições legais contra manifestações da sexualidade, como leis anti-sodomia. Ou podemos ser como a Indonésia, e decapitar um homem que é flagrado se masturbando.