Você pode até "discordar", mas não dá para impedir isso sem ser algo muito próximo ou exatamente censura.
Talvez/quase com certeza o MEC ou algo do tipo deve credenciar/autorizar escolas particulares, fazendo com que seus diplomas sejam válidos para o que for, como conclusão de ensino básico, médio ou superior. E dentre os critérios talvez até pudesse haver não-inclusão doutrinária de criacionismo, mas seria polêmico, especialmente se, apesar disso, os alunos ainda passassem respondendo corretamente às perguntas de acordo com a ciência de verdade (mesmo que não acreditem ser a verdade), o que deve ser o caso para as escolas "creditadas".
Com questões ideológicas a coisa fica consideravelmente mais turva.
E sim, é problemático que os pais não fiscalizem (supondo que eles tenham conhecimento suficiente para isso), e, enquanto o governo tenta fazer o mais próximo disso, sem ainda ser censura, vai inevitavelmente estar suscetível aos mesmos vieses da população ou das elites (incluindo elites esquerdistas, não só as direitistas/capitalistas/malvadas -- quem provavelmente estará por trás do processo de aprovação).
E tem as escolas do MST...