O valor não é devolvido porque a perda se dá apenas após a condenação, ou seja, o valor não foi ilegalmente recebido. A lei é clara, se condenado, ele perde o direito à aposentadoria.
No caso do funcionário privado, ele já foi desligado e recorre exatamente desse desligamento, se o desligamento foi ilegal, nada mais justo do receber de volta os valores.
A diferença no tratamento se da exatamente pra proteger a justiça, para que juízes não sejam precionados a tomar decisões sob o risco de perderem salários até provarem sua inocência.