Ao meu ver esse não é um problema real. Isso só torna realmente difícil quando lhe é imposto barreiras ou dificuldades por causa da sua opção.
E isso não é exclusividade dos ateus, pois todos sofrem discriminação. Não é omitindo o seu posicionamento frente aos demais que você irá deixar de sofrer com isso.
Talvez, mesmo que você omita isso, continuará sofrendo discriminação por morar num bairro pobre, por ter alguma deficiência física ou por ser gay, por exemplo.
Acredito que devemos ser fortes nas nossas convicções, sejam elas quais forem, e que devemos enfrentar as dificuldades com coragem, ao invés de recuar, somente para não sentir o mal-estar proporcionado pelo preconceito.
É isso.