Acho mais fácil de dividir as falcatruas de qualquer sistema eleitoral em dois tipos: "quebra do sigilo do voto" e "fraude".
Fraude é relativamente fácil de se combater, e pra mim depende mais de transparência (como o Gustavo falou) no processo que outra coisa. Se houver a possibilidade de transmissão ao vivo das apurações, acho que seria uma boa usar a velha votação por papel.
A quebra do sigilo é mais difícil de combater; não é necessário, nem recomendado, alterar o sistema quando você quer obter dados. Contra interceptação de qualquer sinal de longo alcance, criptografia; contra o "mostre no celular em quem você tá votando", não sei - talvez pedir pra que não levem celulares, ou levem-os desligados? Entretanto, isso seria incômodo, seria necessário talvez detectores ou gente fazendo vistorias (duas pessoas por sala, o que é bastante e pode onerar muito o processo).