não existem muitos seres intermediários por causa da questão de adaptação, que acho que já foi explicada.
Nas ilhas galápagos, existem umas 3 espécies de tentilhões que são parentes próximas. Na verdade, elas podem até gerar híbridos férteis entre si, mas ao menos servem para explicar isso de porque não há intermediários vivos. São 3 formas/espécies: uma pequena, uma média, e uma grande.
Cada forma, se alimenta de um tipo de semente proporcional ao seu tamanho. E cada forma, é melhor em se alimentar desse tipo de semente proporcional do que se alimentar da semente "errada". Por exemplo, para o tentilhão grande, ele teria que comer muitas sementes pequenas e médias para se nutrir bem, ao mesmo tempo em que os tentilhões pequenos e médios são um pouco mais ágeis e numerosos, logo essas sementes são difíceis de serem apanhadas por eles. Para os pequenos, descascar as sementes grandes ou médias, é trabalhoso e cansativo, e ainda acho que era complicado mesmo engolir, mas não lembro bem. E se finalmente descascam uma, pode vir um tentilhão médio ou grande e facilmente roubá-la do pequeno, não sei se tanto por violência, mas talvez apenas por ser difícil para o tentilháo pequeno voar segurando a semente maior, não sei. De qualquer forma, é muito mais fácil a vida para os tentilhões pequenos se comerem as sementes pequenas. E para os médios também tem as vantagens para comer apenas as sementes médias.
Isso de cada tamanho estar adaptado a um modo de vida, nesse caso, alimentação, faz com que os intermediários entre pequeno, médio e grande, isso ém um médio-pequeno, ou um médio-grande, estejam em desvantagem adaptativa contra as suas formas "vizinhas" em tamanho. O médio-pequeno não é tão bom em comer sementes pequenas quanto os pequenos, e nem tão bom em comer sementes médias quanto os médios. Os médio grandes também são piores que os grandes para comer sementes grandes, e piores que os médios para comer sementes médias.
Daí esse intermediários entre pequeno, médio e grande acabam se extinguindo. Esse é o princípio básico de porque não sobrevivem todas as formas transicionais possíveis, porque elas acabam sendo inferiormente adaptadas que as formas mais distintas que elas conectam.
Isso é uma boa parte da explicação, mas ainda há coisas mais sutis, em adaptação não-aparente. Muitas espécies podem ter sido extintas não porque houvessem outras formas muito melhor adaptadas ao meio de vida, mas por ter um sistema imunológico melhor e não terem sido dizimados por algum vírus ou parasita, ao mesmo tempo em que, sendo imunes ao vírus, ou menos afetados por ele, talvez pudessem servir de vetor e infectar outras espécies sem essa defesa imunológica. Outra possibildade é eventualmente alguns ambientes se degradarem, se modificarem por fatores diversos, por exemplo, seca, vírus ou insetos acabando com a vegetação que sustentava muitos animais herbívoros, levando esses animais a extinção, e conseqüentemente aos carnívoros que se alimentavam desses.
