Você instala uma versão nova a cada release?
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sobre a complicação... bem, me parece que quando não é mais simples do que o "padrão" (windows), instalar por apt-get/synaptic/etc, é igual: encontrar e baixar o programa. Desinstalar pode ser um pouco diferente, uma vez que no windows não costuma haver compilação, e menos comumente programas que se roda direto, sem instalar.
Nesses casos, eu prefiro deixar o programa dentro da minha pasta de usuário mesmo (/home/usuário/.opt em vez de /opt), só para não precisar usar como administrador para isso. No caso de ter que compilar, eu prefiro concluir com checkinstall, em vez do "make install", que cria e instala um pacote normal a partir do que foi compilado. Só pela conveniência de desinstalar com o synaptic quando for o caso, em vez de ter que ir ao diretório e mandar desinstalar.