Kernel é o programa principal do Linux (cada sistema operacional tem um kernel, MacOS, Windows, Android, iOS...). Você sempre usa o Kernel. Configurar o kernel, por outro lado, pouca gente precisa, pois as distribuições têm dado conta de fazer configurações automatizadas decentes. Na verdade, o Linux mesmo e só o kernel. todo o resto são programas que rodam sob esse kernel. Ao contrário do Windows e do macOS, que consistem no kernel, nas interfaces de usuário etc.
Eu acho o terminal muito mais rápido e prático para usar. Leva meses entre cada vez que eu abro uma janela de navegador de arquivos (que tem as pastinhas e os ícones).