Quanto a aparência de planejamento, de projeto, na evolução, a resposta científica é a seleção natural.
A seleção natural funciona praticamente como se fosse uma mente tendo novas idéias para projetos e as implementando nas invenções conforme se saem melhor na prancheta e nos testes de protótipos. Só que em vez de ter de verdade uma mente tendo as novas idéias, colocando na prancheta, fazendo testes em protótipos e depois implementando como produção em massa, o que acontece é que as mutações são as "novas idéias" implementadas em protótipos, e vão gradualmente fazendo maior ou menor parte da produção em massa, de acordo com o desempenho dessa nova "idéia", de acordo com como a modificação afeta positivamente ou negativamente a adaptação e a capacidade de procriar.
Isso pode até soar tão parecido com o que se esperaria de uma mente de verdade que tornaria problemático distinguir se a causa verdadeira é uma mente real ou a seleção natural, mas se formos ver melhor o que se esperaria de uma coisa ou outra.
Por exemplo, as "idéias" realmente inteligentes poderiam ser coisas como "e se eu fizesse asas de ave em mamíferos?" ou "e se eu usasse o gene que codifica essa proteína anti-congelante que eu uso no peixe ártico também no peixe antártico?"
Ou seja, idéias de verdade poderiam ter "saltos", pegar partes de outros seres e misturá-los em combinações que não fariam sentido com uma grande genealogia de todos seres, que seriam de parentes muito distantes para ser algo transmitido por mutação. Já as "idéias" que vem de mutações só podem ser graduais e tem necessariamente que fazer sentido genealógico. Ou seja, não se espera coisas como esses exemplos que eu dei, apenas um padrão muito mais restrito de características.
Outra diferença, menos importante mas ainda significativa, é a função por trás de invenções de mentes de verdade, e por trás da seleção natural. Para a seleção natural, tudo que importa é se cada espécie vai conseguir sobreviver e se reproduzir, custe o que custar. Mesmo que signifique que tenha que matar de forma que nos parece brutal e cruel a outros seres, muitas vezes da mesma espécie, mesmo que implique em coisas como suicídio. Por exemplo, há espécies de aranha que são matrifágicas, isso é, os filhotes devoram as mães. E são as próprias mães que deixam.
Se interpretamos esse tipo de coisa imaginando que foi um planejamento de verdade, não podemos concluir algo muito diferente de que a mente por trás disso é meio estranhamente perversa e sádica. Se pensamos em planejamento para funções, não precisariam existir predadores e nem 99% das adaptações que existem. Só precisariam existir herbívoros e plantas, ou talvez uma mistura dos dois, onde nem se precisaria comer plantas. Todos viveriam em paz, sem a "luta pela vida" com garras e dentes matando filhotes e os mais fracos, sem doenças desfigurantes, sem parasitas devorando um ser lentamente enquanto ele ainda está vivo.
Por outro lado, se não há uma mente de verdade, mas apenas vantagens reprodutivas em características determinadas por genes, não há uma mente cruel e sádica por trás disso. Isso existe apenas porque as mães-aranha dessa espécie que se deixam ser devoradas por sua ninhada ao fazerem isso deixam uma ninhada mais nutrida e que tem maiores chances de sobrevivência e reprodução. E o mesmo vale para todo tipo de coisa, por mais grotesca que seja.
Há até um evolucionista teísta que, se não me engano, coloca esse ponto das adaptações cruéis e violentas como algo mais compatível com a idéia de um deus bondoso se ele não for diretamente responsável por elas, se forem resultado de um processo natural, sem intervenção. Meio como quando uma pessoa morre atingida por um raio ou soterrada num terremoto ou enchente, e as pessoas não acham que seja projeto divino, apenas um acidente natural.