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Banzai, Parabéns!
Não desprezando os outros, voce é o cara. 
Os seres vivos, são suas próprias fábricas e as novas idéias são simplesmente variações hereditárias no desenvolvimento, como essas que existem dentro das próprias populações, originadas por mutação.
É este princípio ativo auto fabricante organizado que intriga a ciência.
Na verdade, há um bom tempo a ciência descartou a idéia de "princípio ativo". Não há nada de mais intrigante em seres vivos do que há em um robô que fosse capaz de montar cópias de si mesmo; nem robôs, nem televisores, nem seres vivos tem um "princípio ativo".
Nos dois casos, são diferenças entre as peças e meios de construção que incompatibilizam gradualmente as "populações". Para exemplos mais estritamente biológicos, basta lembrar de coisas como que mesmo alguns problemas genéticos derivados de homozigose (de dois alelos iguais no mesmo indivíduo) podem ser fatais. Então, hipoteticamente poderia ocorrer algo como uma espécie aparentada da outra não poder mais se reproduzir entre si por algo similar, como cada uma população ter "fixada" uma homozigose não-letal (isso é, todos os indivíduos a tem) em dois pontos diferentes do genoma, mas se combinadas, elas são letais.
O que podemos observar hoje na natureza é quando os genes são alterados por efeito de mutações na maior parte os filhos nascem doentes.
Eu não sei se é por aí, mas entendo que sim.
Não, na verdade, a maior parte das mutações é neutra.
Em segundo lugar, a mutação é simplesmente uma nova variação genética. Por exemplo, você é diferente do seu vizinho e do seu primo por variações genéticas, que são originadas de mutações, não necessáriamente surgidas em você, no seu vizinho ou no seu primo, mas nos seus bisavós ou ancestrais mais distantes (ou mais recentes).
Todas as pessoas, desde os asiáticos, aos negros, aos brancos, e todas as variações que existem, na maior parte saudáveis, são originárias de mutações. Indo mais longe, as diferenças entre indivíduos saudáveis de espécies diferentes também são originadas de mutações. Não há nada naquilo que separa geneticamente um tigre saudável de um leão saudável, que não possa surgir por mutações. E assim continua, passando para os leopardos, depois para os outros mamíferos carnívoros, depois para outros mamíferos, então para os répteis parecidos com mamíferos, etc, até todos os seres vivos.
Para que houvesse tranformação imediata sem precisar de mutações a longo prazo os cromossos sexuais tanto masculino como feminino sofreriam alterações genéticas.
Isso que disse não faz sentido. Alterações genéticas nos cromossomos, masculinos e/ou femininos, são mutações. Alterações imediatas não relacionadas com mutações não tem muita importância para a compreensão dos conceitos básicos de evolução.
Para que surja uma nova espécie que se cruzem entre si e não com as demais anteriores seria preciso que tanto o macho como a fêmea sofressem num processo homólogo alterações idênticas.
Quase que impossível! Isto seria uma loteria.
Voce teria uma idéia melhor?
Não se trata da mesma mutação acontecer ao mesmo tempo em machos e fêmeas, ou em um casal, ainda que em alguns casos possa ser.
Também não se trata de não haverem mutações no processo.
Primeiro, é como com as raças de cães. As populações se separam, e ao passar do tempo, as linhagens tem conjuntos de genes únicos. Gradualmente, as diferenças nesses conjuntos de genes faz com que, gradualmente, os cruzamentos entre as populações sejam cada vez menos férteis. Em algum grau, isso possivelmente já acontece com raças de cães muito diferentes.
Em momento algum precisa acontecer a mesma mutação independentemente em machos e fêmeas, e teoricamente poderia ocorrer especiação sem que ocorresse qualquer mutação relevante nos cromossomos sexuais.
Eu não sei, mas mutação não é algo tão raro quanto aparentemente você está pensando ser. Na verdade, é mais surpreendente a unidade ainda existente entre todos os seres, apesar das taxas de mutação bastante elevadas. Por exemplo, humanos e chimpanzés compartilham 99% do genoma entre si, e humanos e camundongos, algo em torno de 70%. Humanos e bananas, algo em torno de 40%.
Eu fiz uma pergunta bem prática aqui e gostaria de relembrar: Se um homem ainda fértil com 80 anos de idade fôr lá para o outro lado do mundo e manter relações com uma jovem com certeza ela vai gerar filhos mesmo que mantiveram este isolamento geográfico.
Vamos considerar que o efeito de mutações genéticas por mudanças climáticas, alimentações etc... viesse a fazer com que duas espécies de ancestrais comuns não mais gerassem prole(Chipanzé X homo-sapiens). O que mudou na estrutura genética destes genes para que os cromossomas sexuais de um e de outro não mais se conhecessem?
Primeiramente, a noção de "um cara de 80 anos indo para o outro lado do mundo" simplesmente não tem nada a ver com evolução. "Isolamento genético" não se refere ao tempo em que uma pessoa viveu e que os seus genes ficaram isolados enquanto ele sofria eventuais mutações. Isolamento genético se refere a populações, separadas por gerações, não compartilhando mutações transmitidas pelos gametas, pelas células reprodutivas.
Em segundo lugar, as mutações são principalmente espontâneas, não são causadas por influências ambientais. Radiação pode causar mutações, mas isso é irrelevante para evolução, porque elas são principalmente somáticas (mutações que não afetam as células reprodutivas) e não são transmitidas. Apenas mutações que são transmitidas pelas células reprodutivas é que importam, e essas acontecem na maior parte do tempo sem a influência de radiação ou outra coisa qualquer.
E por último, o que faz com que híbridos sejam estéreis ou inviáveis vai depender de cada caso, até porque varia em grau. De modo geral, são diferenças no funcionamento dos organismos, ditadas por esses genes diferentes. Como eu exemplifiquei anteriormente, é meio como misturar peças e componentes de aparelhos eletrônicos diferentes. Em aparelhos do mesmo modelo você pode trocar praticamente qualquer peça de uma unidade para a outra e tudo continuará funcionando perfeitamente, mas em modelos diferentes as coisas vão ficando mais complicadas, e até praticamente impossíveis.
São coisas meio complicadas, relacionadas a diversos aspectos do funcionamento e desenvolvimento embrionário do organismo, um pouco como os tipos sangüíneos e os anticorpos, por exemplo. Se a mãe tem Rh negativo e o bebê que ela carrega tiver Rh positivo, sem tratamento, pode até fazer com que o bebê nasça morto. Mas nem o Rh negativo nem o positivo são "doenças", são só combinações de genes normais, mas meio incompatíveis.
Não é que seja o tipo sangüíneo que faça com que populações de animais não possam mais se reproduzir, isso é só um exemplo mais conhecido do tipo de coisa. Não existe uma "regra geral" que eu saiba, várias espécies vão criar incompatibilidades diferentes com as suas parentes mais próximas, e além de eu pessoalmente não lembrar de nenhum exemplo melhor, é algo mais avançado, tem que conhecer mais de embriologia e fisiologia, de como o organismo se desenvolve e como funciona. Mas essencialmente é isso; são instruções genéticas que não combinam umas com as outras, interferindo, seja no desenvolvimento do organismo ou no funcionamento.
Se pensarmos de uma forma puramente científica todo ancestral de uma mesma espécie mesmo se dividindo em duas, três ou mais vão gerar descendentes férteis mesmo que haja isolamento geográfico. A única coisa que pode acontecer pelo isolamento é não gerarem filhos mais um do outro por efeitos climáticos, mas gerar nova espécie não vejo como! 
Na verdade, é possível que até entre indivíduos da mesma espécie não seja mais possível gerar descendentes em alguns casos. Em insetos, a contaminação por uma espécie de bactéria, faz com que os infectados sejam virtualmente uma espécie diferente, não podem mais se reproduzir com os membros não infectados. Eu não sei exatamente qual é o mecanismo fisiológico disso, mas é algo que teoricamente poderia ocorrer sem a infecção pela bactéria, ou até continuar mesmo sem a infecção.
Não é apenas o isolamento geográfico que fará com que populações separadas de repente não possam mais gerar descendentes férteis uma com a outra, mas as mudanças genéticas que vão surgindo em cada população e não sendo compartilhadas com as outras. Com só um pouco de diferença genética acumulada em cada população, geralmente não haverá problema algum se por acaso tentarem se reproduzir. Se passam mais gerações em isolamento, acumulando mais diferenças, aumenta a chance de surgirem diferenças incompatíveis. Aí pode ser que a fertilidade baixe um pouco. E assim vai, baixando de pouco em pouco (geralmente), até que não são mais possíveis os híbridos.
Nem todos de uma mesma espécie vivem em isolamento geográfico e assim aquela espécie se multiplica.
No caso do ser humano por exemplo todo tivemos um ancestral comum de nossa própria espécie e com vários isolamentos climáticos, mesmo assim podemos com certeza gerar descendente fértil.
Como eu disse, não é simplesmente isolar populações que faz com que instantâneamente elas não possam mais gerar descendentes férteis. É necessário o acúmulo de dieferenças genéticas significativas, que conflitem umas com as outras. Meio como se estivessem instruções genéticas no embrião para fazer o coração maior do que a cabeça e a caixa torácica muito menor do que os órgãos que deveria abrigar, num hipotético cruzamento entre duas espécies aparentadas mas de tamanhos diferentes e conflitantes. Mas talvez, na maior parte do tempo, antes disso, antes do embrião ter esses órgãos já formados, já surjam incompatibilidades suficientes para ser abortado espontâneamente.
Se chipanzés e macacos não puderam mais gerar prole então alguma coisa dentro dos cromossomas aconteceu.
Sim, mutações que determinam diferenças significativa no desenvolvimento ou na fisiologia.
Graças a meiose novas espécieis podem surgir(híbridos), mas com os exemplos que possuímos hoje não nos dão uma convicção se realmente elas aconteceram desta forma como é explicada.(especiação)
Porque? São todos estéreis e quando geram filhos os mesmos nascem com saúde delicada.
Você parece que nem está lendo o que eu escrevo.
1 - não são
todos os híbridos estéreis, nem são todos de saúde inferior. Inclusive um dos motivos pelos quais humanos propositalmente criam alguns híbridos é o chamado "vigor híbrido", serem mais fortes e saudáveis do que os animais de ambas as espécies.
2 - não disse que é através da hibridação que ocorre a especiação, ainda que isso possa ocorrer em alguma parte do tempo.
Vale lembrar que, como eu disse antes mesmo nessa mesma mensagem, há diferentes taxas de evolução e especiação, para diferentes tipos de organismos e por diferentes situações. Para plantas, e talvez para alguns insetos, por exemplo, especiação pode ser em alguns casos produto imediato de hibridação.
A hibridação realmente é um processo que desperta curiosidade, mas o que podemos ver dos resultados no momento são altamente prejudicias a natureza. Sendo assim o conhecimento de especiação pode ter acontecido de outra forma ainda desconhecida.
Não são todos os resultados de hibridação inerentemente "prejudiciais" ou inferiores (em alguns casos são até consideravelmente "melhores" conforme mencionei), e nem é a hibridação uma coisa fundamental na especiação, é algo menor, até dispensável para
compreender o básico de evolução, servindo principalmente para lembrar que espécies aparentadas não só podem procriar,
como podem gerar prole fértil em alguns casos.Evidenciando que espécies diferentes, não são coisas fundamentalmente diferentes, estreitando a comparação entre coisas como raças de cães e espécies aparentadas. Que não é pura coincidência o padrão inegavelmente genealógico das classificações dos seres de acordo com similaridade.
Banzai, valeu mesmo pelas suas respostas.
Gosto de estudar o assunto em questão e se voce tiver disponibilidade peço que continuemos o debate.
Quero lhe dizer que não sou contra a evolução, mas apenas não aceito da forma como Darwin elaborou.
Repito: Para mim conforme a teoria de Oparin e Hadane milhões de moléculas auto se duplicaram cada um formando a sua espécie em que todas elas obedeceram um padrão coerente.
Tenha um bom dia.
De nada. Essa idéia de origem independente via geração espontânea é impossível por diversas razões. Primeiramente, ou talvez, a mais fácil de entender, o desenvolvimento de praticamente toda espécie não microbiana atual "depende" de estágios evolutivos anteriores. Só faz sentido existirem vertebrados terrestres se eles tiverem uma longa história de evolução com um ancestral vertebrado aquático, um peixe, por exemplo. Isso porque todas essas coisas em comum no desenvolvimento e na anatomia dos seres não podem ter surgido milhões de vezes por coincidência, iguaizinhas, determinadas exatamente pelos mesmos genes.
Em genelogias dentro de uma mesma espécie, a similaridade genética indica parentesco mais próximo. O mesmo vale também para fora das espécies, os seres são progressivamente aparentados, num padrão totalmente genealógico, não há mais condições de sustentar que as espécies não tenham um ancestral comum do que há para sustentar que primos não tenham avós em comum ou que raças de cães não descendam de lobos. As evidências de parentesco, dentro de famílias, populações, raças, espécies, gêneros, famílias, classes, etc, são exatas demais para serem só coincidência sem razão.