Banzai, Parabéns!
Não desprezando os outros, voce é o cara.

Os seres vivos, são suas próprias fábricas e as novas idéias são simplesmente variações hereditárias no desenvolvimento, como essas que existem dentro das próprias populações, originadas por mutação.
É este princípio ativo auto fabricante organizado que intriga a ciência.
Nos dois casos, são diferenças entre as peças e meios de construção que incompatibilizam gradualmente as "populações". Para exemplos mais estritamente biológicos, basta lembrar de coisas como que mesmo alguns problemas genéticos derivados de homozigose (de dois alelos iguais no mesmo indivíduo) podem ser fatais. Então, hipoteticamente poderia ocorrer algo como uma espécie aparentada da outra não poder mais se reproduzir entre si por algo similar, como cada uma população ter "fixada" uma homozigose não-letal (isso é, todos os indivíduos a tem) em dois pontos diferentes do genoma, mas se combinadas, elas são letais.
O que podemos observar hoje na natureza é quando os genes são alterados por efeito de mutações na maior parte os filhos nascem doentes.
Eu não sei se é por aí, mas entendo que sim.
Para que houvesse tranformação imediata sem precisar de mutações a longo prazo os cromossos sexuais tanto masculino como feminino sofreriam alterações genéticas. Para associar a este efeito genético outros grupos ou grupo de cromossomas tabém seriam afetados.
Para que surja uma nova espécie que se cruzem entre si e não com as demais anteriores seria preciso que tanto o macho como a fêmea sofressem num processo homólogo alterações idênticas.
Quase que impossível! Isto seria uma loteria.
Voce teria uma idéia melhor?
Você parece estar freqüentemente reclamando de que tudo isso é muito "teórico" apenas, mas basta lembrar de que há espécies diferentes ainda capazes de gerar híbridos com diferentes níveis de fertilidade e viabilidade. Especiação não é algo "sim ou não", preto ou branco, perfeitamente, há vários graus, "zonas cinzentas" entre espécies, causadas por variados graus de diferenças acumuladas em isolamento.
Sim, tudo isto eu compreendo e com bases teóricas eu assimilo tudo na prática.
Na verdade, isso não é considerado um problema, não há estudos de verdade estimando que devessem haver menos espécies porque a especiação é lenta demais, que não houve tempo suficiente. Mesmo que houvesse, a hipótese mais parcimoniosa seria simplesmente supor que a velocidade de evolução ou taxas de especiação não são constantes (e não são, de qualquer forma), havendo períodos, situações, em que diversificação e especiação ocorrem mais freqüentemente. Assim não se precisaria jogar fora todas as evidências de parentesco entre todos os seres e propor origens independentes por mecanismos completamente desconhecidos.
Tudo agora é questão de pesquisas. A ciência tem a faca e o queijo nas mãos, faltando apenas as comprovações práticas em laboratórios.
Enquanto elas não chegam talvez pela grande complexidade, os cientistas vão se mobilizando e criando suas teorias.
Eu não sei, mas mutação não é algo tão raro quanto aparentemente você está pensando ser. Na verdade, é mais surpreendente a unidade ainda existente entre todos os seres, apesar das taxas de mutação bastante elevadas. Por exemplo, humanos e chimpanzés compartilham 99% do genoma entre si, e humanos e camundongos, algo em torno de 70%. Humanos e bananas, algo em torno de 40%.
Eu fiz uma pergunta bem prática aqui e gostaria de relembrar: Se um homem ainda fértil com 80 anos de idade fôr lá para o outro lado do mundo e manter relações com uma jovem com certeza ela vai gerar filhos mesmo que mantiveram este isolamento geográfico.
Vamos considerar que o efeito de mutações genéticas por mudanças climáticas, alimentações etc... viesse a fazer com que duas espécies de ancestrais comuns não mais gerassem prole(Chipanzé X homo-sapiens). O que mudou na estrutura genética destes genes para que os cromossomas sexuais de um e de outro não mais se conhecessem?
Se pensarmos de uma forma puramente científica todo ancestral de uma mesma espécie mesmo se dividindo em duas, três ou mais vão gerar descendentes férteis mesmo que haja isolamento geográfico. A única coisa que pode acontecer pelo isolamento é não gerarem filhos mais um do outro por efeitos climáticos, mas gerar nova espécie não vejo como!

Nem todos de uma mesma espécie vivem em isolamento geográfico e assim aquela espécie se multiplica.
No caso do ser humano por exemplo todo tivemos um ancestral comum de nossa própria espécie e com vários isolamentos climáticos, mesmo assim podemos com certeza gerar descendente fértil.
Se chipanzés e macacos não puderam mais gerar prole então alguma coisa dentro dos cromossomas aconteceu.
Graças a meiose novas espécieis podem surgir(híbridos), mas com os exemplos que possuímos hoje não nos dão uma convicção se realmente elas aconteceram desta forma como é explicada.(especiação)
Porque? São todos estéreis e quando geram filhos os mesmos nascem com saúde delicada.
Vale lembrar que, como eu disse antes mesmo nessa mesma mensagem, há diferentes taxas de evolução e especiação, para diferentes tipos de organismos e por diferentes situações. Para plantas, e talvez para alguns insetos, por exemplo, especiação pode ser em alguns casos produto imediato de hibridação.
A hibridação realmente é um processo que desperta curiosidade, mas o que podemos ver dos resultados no momento são altamente prejudicias a natureza. Sendo assim o conhecimento de especiação pode ter acontecido de outra forma ainda desconhecida.
http://www.talkorigins.org/faqs/faq-speciation.html
Noufaloinglis, infelizmente

Banzai, valeu mesmo pelas suas respostas.
Gosto de estudar o assunto em questão e se voce tiver disponibilidade peço que continuemos o debate.
Quero lhe dizer que não sou contra a evolução, mas apenas não aceito da forma como Darwin elaborou.
Repito: Para mim conforme a teoria de Oparin e Hadane milhões de moléculas auto se duplicaram cada um formando a sua espécie em que todas elas obedeceram um padrão coerente.
Tenha um bom dia.