Luzes no céu estão entre os mais frequentes fenômenos aparentemente inexplicáveis que acabam não tendo nada de tão peculiar assim.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Fogo-de-santelmoSó porque não se sabe o que causou tais luzes não quer dizer necessariamente que há alguma explicação extraterrestre ou surpreendente para eles. Analisando friamente, a atmosfera é um dos ambientes mais observados e menos controláveis que se tem, e luz é uma das coisas mais fáceis de ocorrer espontaneamente na natureza. Pode haver, por exemplo, algum fenômeno de convecção que ocasionalmente crie esferas de partículas eletrificadas. Pode haver muita coisa.
E é realmente muito peculiar que supostos alienígenas muito avançados sejam capazes de vir de outro planeta e sejam detectados apenas por sinais tão vagos; seria de se esperar que em vez disso ou eles fossem virtualmente indetectáveis (ainda mais a olho nu) ou se mostrassem de forma clara e inequívoca (não PODE ser difícil para um grupo capaz de transpor planetas deixar algum tipo de registro claro).
O ser humano mal conseguiu tocar a Lua e já percebeu há décadas que é possível usar de linguagem matemática para mostrar para alienígenas que temos alguma capacidade de raciocínio. Não acredito que exista alguma inteligência capaz de construir espaçonaves (ou mesmo aviões) que não seja também capaz de chegar à mesma conclusão.
Possível tudo é. Mas a menos provável das explicações para essas luzes é que sejam espaçonaves.