JJ,
Você acha que há algum espaço para dúvida sobre a ancestralidade comum universal? Se sim, por favor, discorra sobre o porque; o que leva a crer que talvez, de alguma forma, um ser (qual?) ou grupo de seres (qual?) pudessem não ter parentesco com qualquer outro, mas serem uma origem independente apesar de todos os indícios de parentesco biológico, improváveis, absolutamente inesperados, se não for essa justamente a causa.
Se o espaço para dúvida não é a ancestralidade comum universal em si, mas adaptações, então o que há de misterioso nelas? Por exemplo, inteligência e comportamento humanos. Uma vez que é aceita a filogenia, vê-se que há uma gradação de inteligência em diversos grupos de animais, em especial nos primatas, até os humanos. Tudo indica que as faculdades mentais são produto do cérebro, e as diferenças nelas, de diferenças anatômicas e fisiológicas no cérebro. Haveria alguma diferença anatômica ou fisiológica em particular que te pareça não poder ter se originado a partir de modificações anatômicas e fisiológicas naturais, como as que está (ou estaria) aceitando que ocorreram em outros segmentos/trechos da filogenia? Ou supõe ainda que as faculdades mentais possam não ser produto unicamente do cérebro?