A seleção natural não favorece universalmente "complexidade", mas adaptação. Esta pode se dar ocasionalmente por graus iguais, menores, ou maiores, de complexidade.
O sentido em que se diz que a seleção natural cria adaptações complexas é também numa escala de tempo geralmente significativamente maior do que a do que ele tentou usar como contra-exemplos, em coisas como a evolução de qualquer adaptação complexa (como os olhos), que foi resultado do acúmulo de pequenas alterações, que individualmente seriam uma diferença de complexidade (para mais ou para menos) bem perto de desprezível. Talvez em alguns casos se tenha algo análogo em tempo mais curto, como possivelmente o "nylon bug", bactéria que se alimenta de nylon, embora sempre seja mais rápida a seleção da perda de algo (quando isso for adaptativo e a variação existir) do que a evolução gradual de algo novo (que deverá depender em boa parte de variação que nem existe ainda).
O que ele parece supor no entanto é que a ciência supõe que de colocar seres num ambiente em que mal conseguem sobreviver, a seleção natural milagrosamente fosse conferir adaptações, mais complexas, que os salvassem da enrascada. Ela não fará isso (senão por condições muito peculiares, exceção hipotética bem improvável), e não é "necessário" ou esperado que fizesse.
Também não tem qualquer sentido a noção de que adaptações "degeneradas" serão sempre mais adaptativas do que as plenas, isso é simplesmente a afirmação absurda de que "os seres melhor adaptados ao ambiente são os que pior se adaptam ao ambiente". Joga-se fora a "tautologia" da seleção natural e troca-se por um absurdo total.