Sobre a teoria atomista, não me lembro de nenhum registro na história de que ela já tenha sido considerada sobrenatural, como proposto pelo Barata. Como eu já disse o sobrenatural por definição esta acima da natureza, a teoria atomista foi elaborada com o objetivo de explicar elementos da natureza, por isso, me parece que ela não pode e não foi em nenhum momento da história considerada sobrenatural.
Outra coisa é que sorbenatural não é sinônimo de desconhecido ou falta de comprovação/aceitação cientifica. Sobrenatural é uma coisa (aquilo que esta acima da natureza), eventos cujo a causa é desconhecida, é outra totalmente diferente.
Abraços!