Tópico: Sobre a origem da vida e o artigo de Ian Musgrave

[Buckaroo Banzai]

RNA e DNA de aminoácidos era mesmo coisa do Janzen...

[LIAN]

Um detalhe....em evolução não existe ordem correta...a seqüência pode ser: AAAUUUCCCGAC..qualquer coisa. Essa ordem só precisa "ser correta" quando precisa fazer sentido, quando ela é guiada por um código, no caso, o código genético. Mas essa uma história um pouco mais distante ao surgimento do RNA!

[LIAN]

No caso, a argila cataliza a síntese do RNA e da membrana plasmática. Não vejo muito sentido no mundo de PNA...provavelmente a "sopa primordial" era rica em aminoácidos...mas eles sozinho, não fazem nada. Uma associação RNA-peptídeo parece fazer mais sentido. Pelo menos, essa é a teoria que é mais aceita!

[DeadLock]

EU ACHOU QUE ESTAMOS FUGINDO DO ASSUNTO, ESTAMOS ANALISANDO O ARTIGO DO IAN MUSGRAVE. PARA ANÁLISE DE OUTRAS  TEORIAS ACHO MELHOR ABRIR UM TÓPICO SOBRE ABIOGÊNESE

[LIAN]

Resumindo:

"At the moment, since we have no idea how probable life is, it's virtually impossible to assign any meaningful probabilities to any of the steps to life except the first two (monomers to polymers p=1.0, formation of catalytic polymers p=1.0). For the replicating polymers to hypercycle transition, the probability may well be 1.0 if Kauffman is right about catalytic closure and his phase transition models, but this requires real chemistry and more detailed modelling to confirm. For the hypercycle->protobiont transition, the probability here is dependent on theoretical concepts still being developed, and is unknown."

[DeadLock]

Resumindo:

"At the moment, since we have no idea how probable life is, it's virtually impossible to assign any meaningful probabilities to any of the steps to life except the first two (monomers to polymers p=1.0, formation of catalytic polymers p=1.0). For the replicating polymers to hypercycle transition, the probability may well be 1.0 if Kauffman is right about catalytic closure and his phase transition models, but this requires real chemistry and more detailed modelling to confirm. For the hypercycle->protobiont transition, the probability here is dependent on theoretical concepts still being developed, and is unknown."

Discordo, mostre o cálculo que prove que a probabilidade de formação de polimeros apartir de monômeros seja 1.0

[LIAN]

Dead..ele tá citando um trabalho..que tal vc dar uma olhada nas referências!?!:D

[Buckaroo Banzai]

Resumindo:

"At the moment, since we have no idea how probable life is, it's virtually impossible to assign any meaningful probabilities to any of the steps to life except the first two (monomers to polymers p=1.0, formation of catalytic polymers p=1.0). For the replicating polymers to hypercycle transition, the probability may well be 1.0 if Kauffman is right about catalytic closure and his phase transition models, but this requires real chemistry and more detailed modelling to confirm. For the hypercycle->protobiont transition, the probability here is dependent on theoretical concepts still being developed, and is unknown."

acho que faltou uma linha que tem muita importância:

However, in the end life's feasibility depends on chemistry and biochemistry that we are still studying, not coin flipping.

[DeadLock]

A referência de monômeros virarem polímeros é o próprio artigo, cujos cálculos já disse que estão errados.Então ele não pode dizer que a probabilidade é 1.0

[Buckaroo Banzai]

sabe-se que polímeros se formam a partir de monômeros por catalizações diversas, calor, gases vulcânicos, e acho que frio extremo do espaço (ou no frio do espaço, por alguma razão que não o frio).

[DeadLock]

sabe-se que polímeros se formam a partir de monômeros por catalizações diversas, calor, gases vulcânicos, e acho que frio extremo do espaço (ou no frio do espaço, por alguma razão que não o frio).

Favor colocar referência a esses estudos

[LIAN]

Acho que alguém de química poderia ajudar, o Brudna por exemplo.

Pelo menos uma coisa é trivial: Polímeros se formam a partir de monômeros, e essa chance realmente é p=1, a outra sobre polímeros catalíticos, não sei, deixo para os químicos.

Mas se você duvida sobre polímeros serem formados a partir de monômeros...explique como seria então?! Polímero é formado por um conjunto de várias moléculas de um mesmo grupo, que formam um monômero, não?!

[DeadLock]

Acho que alguém de química poderia ajudar, o Brudna por exemplo.

Pelo menos uma coisa é trivial: Polímeros se formam a partir de monômeros, e essa chance realmente é p=1, a outra sobre polímeros catalíticos, não sei, deixo para os químicos.

Mas se você duvida sobre polímeros serem formados a partir de monômeros...explique como seria então?! Polímero é formado por um conjunto de várias moléculas de um mesmo grupo, que formam um monômero, não?!

Eu digo de forma aleatória na natureza, sem a interferência de um Ser Vivo.Ou seja, a partir de um ambiente abiótico

[Buckaroo Banzai]

http://record.wustl.edu/archive/2000/04-20-00/articles/origins.html

quanto a uma das afirmações... o que achei procurando rapidamente.... depois procuro outras

[Huxley]

É uma pena que as perguntas enviadas ao Talk Origins precisam ser selecionadas para ser respondidas.Se o link que o Buckaroo Banzai usou para fazer as perguntas  foi este: http://www.talkorigins.org/origins/feedback/  , talvez eu devesse tentar enviar um email para o Musgrave.


De qualquer forma, se ela não for selecionada vou tentar de novo (fazendo o que a "resposta automática" me sugeriu), desta vez acrescentando outra pergunta:

"Se o cenário proposto no artigo é a abiogênese em uma sopa pré-biótica, então como explicar a formação a polimerização de aminoácidos em ambiente que desfavorece as reações de condensação?"

"If the scene considered in the article is the abiogenesis in a prebiotic soup, then as to explain the formation the amino acid polymerization in environment that disfavors the condensation reactions?"

A tradução está certa?

[DeadLock]

O artigo é muito fraquinho. Não mostra nenhum cálculo, ou resultado de alguma experiência. Também só especula sobre hidrocarbonetos que é um estágio anterior a formação de aminoácidos.

[Buckaroo Banzai]

li sobre diversas outras pesquisas, uma demonstrando a síntese de polímeros com um gás vulcânico como catalisador, e umas outras que não estou bem certo quanto ao que exatamente formaram, apenas não estou conseguindo encontrar sobre todas as coisas que já vi

[Buckaroo Banzai]

É uma pena que as perguntas enviadas ao Talk Origins precisam ser selecionadas para ser respondidas.Se o link que o Buckaroo Banzai usou para fazer as perguntas  foi este: http://www.talkorigins.org/origins/feedback/  , talvez eu devesse tentar enviar um email para o Musgrave.


De qualquer forma, se ela não for selecionada vou tentar de novo (fazendo o que a "resposta automática" me sugeriu), desta vez acrescentando outra pergunta:

"Se o cenário proposto no artigo é a abiogênese em uma sopa pré-biótica, então como explicar a formação a polimerização de aminoácidos em ambiente que desfavorece as reações de condensação?"

"If the scene considered in the article is the abiogenesis in a prebiotic soup, then as to explain the formation the amino acid polymerization in environmentthat disfavors the condensation reactions?"

A tradução está certa?

"If the scene considered in the article is the abiogenesis in a prebiotic soup, then how to explain the formation the amino acid polymerization in an environment that disfavors the condensation reactions?"

[DDV]

Não entendi uma coisa: quer dizer então que a probabilidade de surgir uma molécula complexa através de modificações graduais em múltiplas etapas intermediárias, cada nova etapa começando a partir de onde parou a precedente e isso ao longo de bilhões de anos é exatamente igual à probabilidade dessa molécula surgir "de vez", abruptamente! Explique melhor isso.

No caso dos dados, realmente você tem que começar do zero a cada novo conjunto de lançamentos. Mas no caso da molécula, isso realmente ocorre? Explicando melhor: a probabilidade de surgir uma molécula de RNA a partir de riboses, adeninas, guaninas, etc é exatamente igual à probabilidade do mesmo RNA surgir a partir de moléculas simples de nitrogênio, oxigênio, carbono?

Digamos que eu queira formar uma proteina com 390 aminoácidos como ele coloca no artigo, mas em 5 passos.

Passo 1 - 78   aminoácidos P(Passo1) = 1/(20^78).
Passo 2 - 156 aminoácidos P(Passo2) = 1/(20^78).
Passo 3 - 234 aminoácidos P(Passo3) = 1/(20^78).
Passo 4 - 312 aminoácidos P(passo4) = 1/(20^78).
Passo 5 - 390 aminoácidos P(Passo5) = 1/(20^78).

P(Total) = P(Passo1) * P(Passo2) * P(Passo3) * P(Passo4) * P(Passo5)

P(Total) = 1/(20^390) que é a probabilidade de ela se formar de uma vez só.

Outra questão é que em cada passo , nenhuma lei fisico-química me garante que o próximo passo será aquele que eu quero.Então se eu formo um pepitídeo Ghadiri no Passo 1 e no Passo 2 a reação não é a que eu quero, eu não consigo mais desfazer a reação.Eu sou obrigado a voltar no Passo 1 refazer um pepitídeo Ghadiri e tentar de novo.Por isso ele fala na produção de 10^31 pepitídeos em um ano, por que ele precisa de concetração para ficar tentando dar o próximo passo.Só que a probabilidade de se formar tal concentração é mais difícil que formar uma molécula de RNA de uma só vez.No  caso seria 1/(20^(32 * 10^31))

Eu não sei o que diz nesse artigo, mas o que eu sei a respeito da teoria sobre a da origem da vida é que os primeiros auto-replicadores eram RNA (não proteínas) muito mais simples do que um peptídeo de 390 aminoácidos. Peptídeos não são moléculas "informacionais": não conseguem direcionar ou servir de molde para a sua própria replicação. Já o DNA e o RNA mensageiro, que podem direcionar sua própria replicação, não conseguem catalisar as suas replicações, dependendo dos peptídeos para tais. A situação da origem do DNA e das proteínas era semelhante a do ovo e da galinha. Porém, a descoberta de RNAs que conseguem catalisar suas próprias replicações os colocou como as prováveis primeiras moléculas capazes de se replicarem, ou seja, "vivas", Uma vez que haja replicação e variação (devido a "erros" no processo de cópia), a seleção natural atuará e consequentemente moléculas mais complexas podem surgir com o tempo. O que quero dizer é que as prováveis primeiras moléculas replicantes, que surgiram por puro acaso, eram muito mais simples do que um peptídeo de 390 aminoácidos que você citou (além das "tentativas" serem feitas em todo o oceano terrestre). Este somente surgiria numa etapa bastante posterior já como resultado de variações em proteínas que são sintetizadas pelos seres vivos.

Pelo menos isso é o que li nos livros de Biologia (principalmente "A Célula", de Bruce Alberts). Pode ser que eu esteja completamente enganado sobre o que a teoria realmente diz e sobre o citado peptídeo de 390 aminoácidos.

[Buckaroo Banzai]

na verdade, RNA é mais complexo do que peptídeos, e isso é considerado um obstáculo considerável para as teorias de mundo de RNA com "genes primeiro" (mas poderia ser complementar a um cenário de metabolismo primitivo pré-existente, talvez), com o que se sabe até agora.

Esses peptídeos que podem catalisar a própria replicação, são 10 vezes menores do que o que postou, tem 32 aminoácidos. Acredito que há exemplos de outros, bem como links sobre esse assunto no artigo.

[DDV]

na verdade, RNA é mais complexo do que peptídeos, e isso é considerado um obstáculo considerável para as teorias de mundo de RNA com "genes primeiro" (mas poderia ser complementar a um cenário de metabolismo primitivo pré-existente, talvez), com o que se sabe até agora.

Esses peptídeos que podem catalisar a própria replicação, são 10 vezes menores do que o que postou, tem 32 aminoácidos. Acredito que há exemplos de outros, bem como links sobre esse assunto no artigo.

Interessante. Eu não sabia que existiam peptídeos auto-replicantes, só RNA. Sendo assim, mais fácil e provável ainda fica a origem casual de moléculas auto-replicantes.
Chato seria explicar como teria ocorrido a transição dos peptídeos para o RNA ou DNA como moléculas codificadoras de informações, caso sejam os peptídeos os primeiros auto-replicadores.

[APODman]

,,,,em resumo 10^31 será 1/( 20 ^( 32 * 10^31) ). Voce consegue escrever esse número ?

Acrescente catalisadores como fez Juan Oro e o número reduz bastante a ponto de conseguir escrevê-lo com facilidade.

[ ]´s

[APODman]

na verdade, RNA é mais complexo do que peptídeos, e isso é considerado um obstáculo considerável para as teorias de mundo de RNA com "genes primeiro" (mas poderia ser complementar a um cenário de metabolismo primitivo pré-existente, talvez), com o que se sabe até agora.

Esses peptídeos que podem catalisar a própria replicação, são 10 vezes menores do que o que postou, tem 32 aminoácidos. Acredito que há exemplos de outros, bem como links sobre esse assunto no artigo.

Interessante. Eu não sabia que existiam peptídeos auto-replicantes, só RNA. Sendo assim, mais fácil e provável ainda fica a origem casual de moléculas auto-replicantes.
Chato seria explicar como teria ocorrido a transição dos peptídeos para o RNA ou DNA como moléculas codificadoras de informações, caso sejam os peptídeos os primeiros auto-replicadores.

Mas os peptideos podem se formar mesmo sem auxilio de moléculas como RNA e DNA, podem mesmo ter se formado muito antes de qualquer uma das duas a partir de aminoácidos presentes no ambiente de origem cometária:

Did volcanoes help life erupt?

O mesmo artigo porém com o texto publicado originalmente na NATURE News:

http://www.bioedonline.org/news/news.cfm?art=1251

[ ]´s

[APODman]

Já o DNA e o RNA mensageiro, que podem direcionar sua própria replicação, não conseguem catalisar as suas replicações, dependendo dos peptídeos para tais.

Estou procurando um artigo da NATURE onde ficou demonstrado que sob certas codições o DNA pode sim se auto-catalisar.

Apesar do mecanismo não ser muito estável as ondições para sua ocorrência estariam presentes na Terra primitiva.

[ ]´s

[Luis Brudna]

  Nao li todo o topico.

  Mas eh BEM arriscado falar em probabilidades quand se trata de quimica.

  Nao eh simplesmente pegar quantas moleculas estao envolvidas e calcular probabilidades de se formar algo.

  Pq em quimica devemos considerar as CONDICOES em que as reacoes acontecem.

  Duas coisas sao importantes, a termodinamica do processo, que indica a espontaneidade e a cinetica, que indica a velocidade com que o processo ocorre.

  Eh possivel que um processo espontaneo demore muito pra ocorrer, mas ai eh soh utilizar um catalisador, ou mudar as condicoes, que ele ocorre facilmente.