O que está chamando de "mutações cromossômicas" é acho que não raramente distinto se usando termos como "aberração cromossômica", embora não haja nenhum erro em usar qualquer forma.
Mas nem essas vão ser necessariamente "maléficas" embora devam praticamente sempre (pelo menos em espécies de reprodução sexuada diplóide, acho) atrapalhar a reprodução. A própria evolução da espécie humana teve em algum momento algo mais ou menos nessa categoria, "translocação robertsoniana", ou fusão de cromossomos (por isso temos 23 pares enquanto outros hominídeos vivos têm 24), e acho que outras instância disso ocorrem em algumas pessoas/populações, bem raramente.
Se não me engano se teoriza que em algum momento bem inicial na evolução dos cordados houve uma duplicação de todo o genoma, não sei se de uma vez só ou em "passos rápidos".
Na origem "física" da mutação nada diz se ela será maléfica ou não; só o resultado dela no desenvolvimento que diz. Mas haverá sempre a tendência a, quanto maior for, maiores serem as chances de se fazer estrago. Por isso aberrações/mutações cromossômicas tenderão a ser piores. Acho que pode comparar a erros menores de digitação numa receita (culinária), errando algo numa quantidade ou ingrediente, versus duplicar (ou apagar) todo um parágrafo.