Acho que isso acontece mais com o windows. Se fosse para dar um chute eu diria que tem a ver com a memória virtual, que atua como uma extensão da memória RAM, mas no HD.
O HD estando com pouco espaço limita essa memória virtual o que acaba prejudicando os programas.
Geralmente o arquivo de paginação é de tamanho fixo.
HD cheio gera
fragmentação e dificuldade em chegar rapidamente onde os dados estão. Depende bastante da estrutura da partição também. Uma partição NTFS com indexação ativada fica muito mais rápida que uma FAT32, se ambas estiverem cheias.
Meu conselho para HDs grandes é sempre dividir em partições menores... E sempre separar as coisas, tipo, fazer uma partição fat de 1gb para o arquivo de paginação, NTFS com indexação de uns 5gb para o windows, e outras partições para cada tipo de dado, jogos, backups e músicas, programas, etc.