Não é de um ponto de vista paradigmático, que é muito questionado. Toda a experimentação científica atual já passa pela mãos de algum cientísta, porém ocorre uma intersubjetividade através dos experimentos laboratoriais vivênciados pela comunidade científica. Não vejo diferença. Sempre tem pessoas por tráz dos processos.
Claro que sempre existem pessoas. Porém, pelo menos no que se refere às ciências exatas, os resultados são (e devem ser)
independentes da cultura, dos preconceitos, enfim, do estado mental do experimentador. A palavra chave aqui
replicabilidade.
Quanto ao tópico: penso que sim, é possível para um ateu acreditar em espíritos. Ora, existiram milhões de ateus que acreditaram
no marxismo-leninismo

. Acho mais difícil (para dizer o mínimo) para um
cético acreditar.
Quanto à conscienciologia: ela tem todas as marcas da pseudociência. Segundo você descreveu, ela supõe um fenômeno (espíritos)
que não pode ser testado (aparentemente). Essa suposição também viola a Navalha de Ockham, pois existem teorias mais simples
para se explicar a mente e a consciência. Ela também tem um pedigree no mínimo duvidoso.
EDIT: Parece que fiz uma pequena confusão de tópicos. My apologies.