A hipótese da consciência (mente) não ser resultante do cérebro não tem nada a ver com a hipótese da existência de um ser criador do universo, a crença em deus. Apesar da religião espírita adotar a reencarnação em sua doutrina, esta não esta hipótese não está restrita nem ao espiritismo e nem a religião, sendo também uma abordagem investigativa da parapsicologia.
Associar o teísmo com a existência de uma alma ou espírito é fazer um espantalho da mesma, já que o conceito de deus não tem sustentabilidade lógica alguma. Claro que o tópico também demonstra a não aceitação lógica de uma consciência extrabiológica, extracorpórea. Mas não vamos confundir alhos com bugalhos. 
A hipótese da existência de mentes sem cérebros não me parece uma hipótese científica (falseável, testável).
Assim como poderiamos tratar a hipótese do cérebro ser a consciência. Se não existe uma alternativa para falsea-la então é infalseável. Vejo como melhor possibilidade de falsear a hipótese do cérebro ser a consciência a hipótese contrária do cérebro não ser a consciência, esta ser independente deste. É uma idéia que foi defendida por Descartes, o criador do método e por muitas outras pessoas em nossa sociedade.
Na verdade, para que uma hipótese seja refutável, não é necessário que uma outra alternativa qualquer seja, ainda que acabe sendo em uma versão bastante fraca da afirmação.
Por exemplo, os criacionismos, tal como são defendidos pelos criacionistas, não são refutáveis; mas a evolução é. Ao fazer isso, acaba ao mesmo tempo incidentalmente se refutando uma "hipótese nula" que seria bem adequada a quase todos os criacionismos: a hipótese de que as características dos seres não correspondem ao que seria esperado por um padrão filogenético (genealógico). Por si só, isso não é um criacionismo; se a evolução fosse refutada, apenas se saberia que qualquer que fosse a origem das espécies, eles não formam uma única árvore filogenética, mas sim diversas árvores filogenéticas substancialmente menores com origens independentes. Não se pode concluir imediatamente que teriam sido criados por comando de Javé à terra há 6000 anos atrás.
Os criacionismos, de qualquer maneira, acabam se fazendo irrefutáveis ao negar ou criar "contornos" às evidências de uma única árvore filogenética de toda a vida, desde os argumentos mais ingênuos -- um criador comum universal traria as mesmas expectativas de uma ancestralidade comum universal -- até os mais escancaradamente irrefutáveis -- evidências de parentesco não são prova de parentesco; quando deus criou Adão e Eva, ou a primeira população de cada animal, eles já eram da mesma espécie, e no entanto não eram parentes biológicos "de verdade", descendentes de um ancestral comum -- e mais recentemente, há os mais espertinhos -- tudo bem, há ancestralidade comum universal, mas Jeov... um criador inteligente não especificado, mas que poderia, digamos, ser Jeová, de vez em quando insere invenções no meio das linhagens, não sendo criadas pela seleção natural.
A questão de se a mente é ou não produzida pelo cérebro está em situação similar. A única que faz previsões razoáveis, satisfeitas, e tem mecanismos plausíveis, é a hipótese de que o cérebro produz a mente. Teoricamente, poderia ser refutada sem provar alguma hipótese de mente extra-corpórea específica, com por exemplo, a prova de que o cérebro é só um órgão não fundamentalmente relacionado à mente (praticamente inútil, nesse caso), diferentemente de tudo que se sabe sobe o cérebro.
A nossa noção, provavelmente biologicamente inata, de pessoas e mentes como algo distinto da realidade material, somada ao fato de que é algo que ajuda a lidar com o medo da morte individual e da perda de outras pessoas, acaba compelindo a serem criados argumentos que contornam todos esses problemas representados pelas evidências de maneiras diversas; "o cérebro é uma antena recebendo sinais não detectáveis por quaisquer outros meios"; "enquanto vivos, as mentes são produtos dos cérebros, mas quando se morre, ela passa para um substrato desconhecido, espiritual, imaterial", etc.
Além do mais, se o objetivo do tópico é a análise científica da hipótese levantada, essa não é a seção adequada e por isso propunho que o mesmo seja movido para "Ciência".
Não acho que seja necessário, dá um caráter científico demais à coisa toda, quando não é. Seria mais "filosofia" e lógica. De qualquer forma, podemos ter abordagens "científicas" sobre temas religiosos ou similares nessas áreas -- o que é bem esperado, não é como se a área "religiões, crenças e mitos", fosse um espaço para o culto religioso dentro do fórum.
