A hipótese da consciência (mente) não ser resultante do cérebro não tem nada a ver com a hipótese da existência de um ser criador do universo, a crença em deus. Apesar da religião espírita adotar a reencarnação em sua doutrina, esta não esta hipótese não está restrita nem ao espiritismo e nem a religião, sendo também uma abordagem investigativa da parapsicologia.
Associar o teísmo com a existência de uma alma ou espírito é fazer um espantalho da mesma, já que o conceito de deus não tem sustentabilidade lógica alguma. Claro que o tópico também demonstra a não aceitação lógica de uma consciência extrabiológica, extracorpórea. Mas não vamos confundir alhos com bugalhos. 
A hipótese da existência de mentes sem cérebros não me parece uma hipótese científica (falseável, testável).
Assim como poderiamos tratar a hipótese do cérebro ser a consciência. Se não existe uma alternativa para falsea-la então é infalseável. Vejo como melhor possibilidade de falsear a hipótese do cérebro ser a consciência a hipótese contrária do cérebro não ser a consciência, esta ser independente deste. É uma idéia que foi defendida por Descartes, o criador do método e por muitas outras pessoas em nossa sociedade.
Na verdade, para que uma hipótese seja refutável, não é necessário que uma outra alternativa qualquer seja, ainda que acabe sendo em uma versão bastante fraca da afirmação.
Por exemplo, os criacionismos, tal como são defendidos pelos criacionistas, não são refutáveis; mas a evolução é. Ao fazer isso, acaba ao mesmo tempo incidentalmente se refutando uma "hipótese nula" que seria bem adequada a quase todos os criacionismos: a hipótese de que as características dos seres não correspondem ao que seria esperado por um padrão filogenético (genealógico). Por si só, isso não é um criacionismo; se a evolução fosse refutada, apenas se saberia que qualquer que fosse a origem das espécies, eles não formam uma única árvore filogenética, mas sim diversas árvores filogenéticas substancialmente menores com origens independentes. Não se pode concluir imediatamente que teriam sido criados por comando de Javé à terra há 6000 anos atrás.
Os criacionismos, de qualquer maneira, acabam se fazendo irrefutáveis ao negar ou criar "contornos" às evidências de uma única árvore filogenética de toda a vida, desde os argumentos mais ingênuos -- um criador comum universal traria as mesmas expectativas de uma ancestralidade comum universal -- até os mais escancaradamente irrefutáveis -- evidências de parentesco não são prova de parentesco; quando deus criou Adão e Eva, ou a primeira população de cada animal, eles já eram da mesma espécie, e no entanto não eram parentes biológicos "de verdade", descendentes de um ancestral comum -- e mais recentemente, há os mais espertinhos -- tudo bem, há ancestralidade comum universal, mas Jeov... um criador inteligente não especificado, mas que poderia, digamos, ser Jeová, de vez em quando insere invenções no meio das linhagens, não sendo criadas pela seleção natural.
A questão de se a mente é ou não produzida pelo cérebro está em situação similar. A única que faz previsões razoáveis, satisfeitas, e tem mecanismos plausíveis, é a hipótese de que o cérebro produz a mente.
Eu considero o contrário.
Procure ler sobre ciências que estudam o cérebro: verá que ele está muito longe de ser um órgão inútil, se correlaciona de maneira muito forte com as capacidades mentais, estados de humor, etc.
Essencialmente, é o seguinte. Há milhões de anos surgiram os primeiros animais, seres com um sistema nervoso que lhes servia para andarem pelo ambiente e interagirem com ele com respostas muito mais rápidas do que podem fazer organismos desprovidos de sistema nervoso. Mais ou menos como "robozinhos". Com o passar das gerações, foram evoluindo sistemas nervosos bem mais complexos, com capacidades de interação com o ambiente muito ampliadas.
O cérebro humano é então essencialmente isso, em vez de ser só uma gosma cinzenta que não faz nada e consome cerca de 20% da energia do corpo humano, ao mesmo tempo em que a morte cerebral causa a morte "de verdade", sem qualquer razão.
Por isso que defendo o programa de pesquisa conscienciológico. E para sustentar essa minha argumentação considero a teoria dos programas de pesquisas. Nesta teoria os fundamentos dos programas de pesquisa necessitam de tempo para se estruturarem e ser considerado as suas previsões como aceitáveis ou não. Enquanto um programa de pesquisa é dominante ele tem um cinturão protetor de seus fundamentos que são as possíveis hipóteses ad hoc caso esse programa esteja sucumbindo. É uma questão complexa para se analisar já que essa teoria envolve conceitos sociais e éticos. Para mim é a melhor teoria epistemológica e a qual adoto nas fundamentações de meus argumentos.
Bem, você falou, falou, e não disse nada sobre exatamente quais seriam as implicações dessa outra "teoria epistemológica" e da teoria do cérebro ser algo inútil ou não responsável pela mente, que seria outra coisa que funciona de um modo como você não disse que seria.
Teoricamente, poderia ser refutada sem provar alguma hipótese de mente extra-corpórea específica, com por exemplo, a prova de que o cérebro é só um órgão não fundamentalmente relacionado à mente (praticamente inútil, nesse caso), diferentemente de tudo que se sabe sobe o cérebro.
Essa afirmativa é um dos fundamentos dos programa de pesquisa dominante. Não quer dizer que seja uma realidade concreta. O uso do conceito prova na argumentação é questionável dentro da epistemologia. Na própria filosofia da matemática já se tem um grande questionamento sobre provas e refutações.
Trocando em miúdos, essencialmente você disse que a despeito de todas evidências e aparências, a realidade pode ser uma outra totalmente diferente (que ninguém sabe qual, só que seria mais legal se fosse de verdade em vez de só faz-de-conta). Pois bem, para esse nível de negação, isso é verdade para toda e qualquer afirmação sobre a realidade que se faça, por exemplo, que você existe. Pode ser que o cérebro não sirva para nada, pode ser que você na verdade não exista, e que sejamos todos o sonho de uma borboleta com a qual um sábio chinês está sonhando, sentado debaixo de uma árvore no planeta Terra, que fica no sistema solar, na via láctea, no nosso universo, que repousa equilibrado sobre o casco de uma tartaruga gigante.
A nossa noção, provavelmente biologicamente inata, de pessoas e mentes como algo distinto da realidade material, somada ao fato de que é algo que ajuda a lidar com o medo da morte individual e da perda de outras pessoas, acaba compelindo a serem criados argumentos que contornam todos esses problemas representados pelas evidências de maneiras diversas; "o cérebro é uma antena recebendo sinais não detectáveis por quaisquer outros meios"; "enquanto vivos, as mentes são produtos dos cérebros, mas quando se morre, ela passa para um substrato desconhecido, espiritual, imaterial", etc.
Me desculpe, mas sendo sincero, esse tipo de argumentação é o que considero hipótese ad hoc, hipóteses que não são as fundamentais porém servem para proteger estas. Seriam parte do cinturão protetor do programa de pesquisa.
Não tem
absolutamente nada de ad hoc aí. A "hipótese" de que a mente é produto da atividade cerebral não depende em nada disso que eu mencionei. São coisas totalmente independentes, essas
observações que eu mencionei apenas apoiam a noção de que, mesmo não existindo vida após a morte, deus, fantasmas, e etc, as pessoas ainda tendem, biologicamente, a desenvolver crenças assim, e elas exercem forte apelo emocional.
Simplesmente não tem nada a ver com "salvar a hipótese" da mente ser produto cerebral, isso seria um tremendo dum non sequitur, não um ad hoc. Seria mais ou menos assim:
"Veja só, essas pessoas continuam vivendo normalmente e se comportando exatamente como sempre, apesar de terem tido seus cérebros completamente removidos. Ao mesmo tempo, na sala ao lado, temos médiuns e aparelhos que estão se comunicando com uma espécie de mente de alguém que alega ter morrido, e todos, apesar de isolados em cabines, dão as mesmas informações após falarem com o mesmo fantasma".
"Bem... isso tudo é muito impressionante, mas eu acho ainda que o cérebro é útil sim.... vejamos... se as crianças pequenas vêem as pessoas como coisas distintas dos objetos materiais, como se fossem fantasmas, se pensam que figuras de autoridade são onicientes, como deuses, e se as religiões tem apelo emocional, então essas evidências de que o cérebro não serve para nada, e de mentes flutuantes, devem estar erradas de alguma forma".
Não passou nem perto de ser algo assim.
Uma das pesquisas que tem mais impacto são as EQM, as experiências de quase-morte. E se o problema da consciência fosse algo tão simples como considerar que é fruto do cérebro então não existiriam as intermináveis discussões sobre na filosofia da mente e nem teriam as abordagem de inteligência artificial para auxiliar nessa discussão.
As experiências de quase-morte são facilmente reprodutíveis através de estímulos numa área do cérebro chamada "giro angular". Estão muito longe de evidenciar que os órgãos sensoriais são redundancias inúteis e que o cérebro não serve para nada.
http://cienciahoje.uol.com.br/oldsite/cerebro/cn04.htmO fato de ter "muita gente" discutindo isso não significa que as coisas sejam incertas, que hajam evidências ou possibilidade significativa para essas hipóteses de magia e esoterismo, apenas que são idéias com muito apelo. É assim com deus, como exemplo de algo que você já não acredita.