Então, vamos lá.
A Fuji é uma ótima fabricante de máquinas fotográficas. A qualidade é boa. Não é como se você estivesse comprando de uma marca desconhecida ou coisa assim. Entretanto, fazer um paralelo com a Nikon e a Canon é algo difícil principalmente porque a Canon e a Nikon tem seus fortes nas DSLR enquanto a Fuji - creio eu - nem esteja nesse mercado. A Nikon tem a Coolpix e a Canon tem a Powershot que são dois ótimos modelos e eu ACREDITO que as câmeras equivalentes da Fuji sejam iguais ou muito próximas as da Nikon e da Canon.
A Nikon é muito forte na produção de lentes, que eu particularmente acho melhor que as da Canon. Isso dá uma nitidez extra na imagem e as vezes qualidade de desfoques e zoons muito grandes em algumas câmeras
Já a Canon tem um padrão de 14 bits das cores ao menos nas DSLR e tem um controle de ISO excepcional que, muitas vezes, deixa a Nikon no chinelo.
Sony e Pentax também são fortes mas elas, em suas devidas proporções, não chegam a ser excepcionais quando as outras duas.
Eu creio que a Fuji deve estar no mesmo nível da Sony e da Pentax. Algumas coisas serão inovadoras e competirão de igual pra igual com os atributos da Nikon e da Canon, mas não creio que será na parte de imagem. Talvez alguma tecnologia nova ou alguma manuseabilidade. Nesse caso, você vai ter sim alguma perda de qualidade em troca de "conforto" e do custo menor.
De qualquer jeito, eu recomendaria a qualquer um comprar um câmera Fuji, Samsung e Sony quando não se tratar de um DSLR. Se você pensar bem, a necessidade de qualidade nem é tão necessária assim, já que nenhuma dessas câmeras vai fotografar muito bem de noite sem flash e nenhuma delas vai ter tantas opções como uma DSLR. Você vai, no final, estar comprando uma câmera pra tirar snapshots o que, tirando algumas câmeras bem ruinzinhas, qualquer câmera serve.
Agora, se você procura qualidade pra fotografia amadora, eu recomendaria você começar com a Nikon ou Canon -- recomendaria mais a Canon do que a Nikon, por ser mais barata e ter uma qualidade melhor nas linhas mais baixas -- porque as outras marcas, como Pentax, Olympus e Sony não tem tantas opções, nem tantas lentes e nem tanta qualidade.