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Em balada gay o banheiro é unissex.
Isso me fez raciocinar: Os banheiros são separados por questão de privacidade: mulheres heterossexuais (teoricamente) não se sentem à vontade em um banheiro na presença de um homem heterossexual e vice-versa. Isso pode ser inspirado pela ideia de vulnerabilidade, de "se expor" na presença de pessoas que poderiam se aproveitar da situação, seja para realmente fazer alguma coisa ou só "comer com os olhos".
Ou seja, a ideia é evitar que tarados/taradas fiquem espiando/assediando usuários do banheiro.
Em um ambiente GLS/GLBTTTSTTT essa divisão não faz sentido, já que em média, os homens buscam outros homens e as mulheres, outras mulheres. Então tanto não faz sentido dividir por gênero (já que não evita o "problema" acima) como a mistura de gêneros não "agrava" a situação. Além disso, esse público geralmente tem uma visão menos encabrestada desses assunto e não se importa com esse tipo de divisão.
No caso de estabelecimentos sem orientação GLS/GLBTTTSTTT, que só tem o bonequinho azul e a bonequinha vermelha com sainha nas portas, o a questão de "evitar tarados" não prevê homossexuais. Por exemplo: não impede um pedófilo de espiar o menino do lado no mictório (principalmente se for aquele mictória que parece uma calha gigante, sem divisória).
Não vejo uma solução simples pra esse problema, já que a separação do banheiro está enraizada nos costumes da sociedade e sempre vai haver tarados e medo deles. O mesmo a própria privacidade. No Japão há alto-falantes que reproduzem sons para encobrir o barulho de mulheres usando o sanitário, pois é comum a mulherada ter vergonha de ser ouvida soltando um barro. Mesmo num banheiro feminino onde todo mundo tá fazendo a mesmíssima coisa.