Pô cara, fala sério. Ali não tem nada difícil. Vamos lá:
A genealogia já expliquei. Há vários outros exemplos na bíblia onde as pessoas tem mais de um nome. O sogro de Moisés tem três nomes, Petro tb é simão, entre outros. Assim Eli e Jacó seriam a mesma pessoa. Com relação ao tamanho da genealogia, elas diferem por omissão do Mateus. Ele queria escrever uma espécie de acróstico de 14 gerações, é um recurso poético. Outra possibilidade é a inserção de tios e irmãos na genealogia. (Em Rute, o primeiro filho de Boaz com ela é considerado de Malon, aliás, que nem irmão nem tio de Boaz era, mas Boaz era o parente mais próximo. Na genealogia poderia aparecer Boaz ou malon, tanto faz). Outra possibilidade são as variaçães linguísticas, outra é a linhagem do sogro de José, uma vez que ambos, José e Maria, eram primos e, portanto, descendentes de David.
A dois ladrões, qual o problema das informações serem complemantares? Os ladrões o insultavam. Na medida em que o tempo passava o outro se arrependeu. Um autor se prendeu na generalização e o outro na descrição do arrependimento. Realmente não consigo enxergar nada aqui de grave.
Todos os outros trechos são perfeitamente explicáveis. Vc quer saber alguma coisa de difícil explicação na bíblia? Eu posso falar pra vc. Mas asseguro que não é nenhuma destas bobagens que o cara escreveu. É algo bem mais profundo. Quer saber? Vcs não sabem nada de Bíblia.