Erivelton, é o seguinte. Não são os cromossomos que são responsáveis diretamente pelas estruturas de nosso corpo e sim os genes que estão dentro de nossos cromossomos. No caso da evolução humana o que houve é que a fusão de 2 cromossomos causou a deleção de alguns genes, de receptores olfativos por exemplo, que felizmente não é crucial atualmente.
A loteria que falo é que mutações podem resultar em mudanças que podem ser boas ou ruins. Muitas das mudanças que nós observamos são benéficas, mas existem os indivíduos com síndromes, e até abortos oriundos de um número aberrante de cromossomos (triplóides, tetraplóides...), ou aqueles que embora aparentemente normais, apresentam anomalias, como múltiplos Xs, ou Y adicional.
A troca não foi entre pares, essa é bem mais drástica, e se chama translocação, o que houve foi fusão! Nascer membro em locais diferentes é quando existem mutações ou mudança na expressão de genes chamados homeoboxes, mas esse não é o caso! A manipulação desses genes que são responsáveis por moscas com antenas no local de patas, asas no local de patas...!